不孕性子宫内膜异位症基因-疾病关联数据集
该数据集来自 frontiersin.figshare.com，包含一份关于不孕性子宫内膜异位症潜在分子机制的表格文件。研究利用 GEO 数据库的 mRNA 测序数据，通过 limma 包筛选差异表达基因，结合 WGCNA 划分基因模块并分析其与疾病的相关系数，取疾病相关模块基因与差异基因的交集作为
基本信息
资源简介
不孕性子宫内膜异位症基因-疾病关联数据集
Table_6_Identification of Potential Molecular Mechanism Related to Infertile Endometriosis.XLSX
该数据集来自 frontiersin.figshare.com，包含一份关于不孕性子宫内膜异位症潜在分子机制的表格文件。研究利用 GEO 数据库的 mRNA 测序数据，通过 limma 包筛选差异表达基因，结合 WGCNA 划分基因模块并分析其与疾病的相关系数，取疾病相关模块基因与差异基因的交集作为基因集 1，再借助 GO、KEGG 富集和 PPI 网络探讨分子机制与潜在治疗靶点。数据可用于不孕性子宫内膜异位症的生物信息学分析与靶点挖掘（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。
【数据集背景】
配套论文《The relationship between endometriosis-related pelvic pain and symptom frequency, and subjective wellbeing》发表于 Health and Quality of Life Outcomes（2019），DOI：10.1186/s12955-019-1185-y。源站首次发布：2022-03-28。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：目的：本研究旨在探索不孕性子宫内膜异位症的生物信息学机制，以识别新的治疗靶点和分子机制。方法：使用 Gene Expression Omnibus (GEO) 数据库下载不孕性子宫内膜异位症患者的 mRNA 测序数据。使用 R 软件中的“limma”包寻找差异表达基因 (DEGs)。采用加权基因共表达网络分析 (WGCNA) 将基因分类为模块，进一步获得模块与不孕性子宫内膜异位症之间的相关系数。将最疾病相关模块基因与 DEGs 的交集基因称为基因集 1。为阐明不孕性子宫内膜异位症的分子机制和潜在治疗靶点，我们使用了 Gene Ontology (GO)、Kyoto Gene and Genome Encyclopedia (KEGG) 富集、蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个，合计 55.87 KB。数据集 DOI：10.3389/fvets.2022.845709.s011。
【主题与分类】
源站学科分类：Animal Systematics and Taxonomy、Veterinary Anaesthesiology and Intensive Care、Veterinary Anatomy and Physiology、Veterinary Diagnosis and Diagnostics、Veterinary Epidemiology、Veterinary Immunology。主题标签：infertile endometriosis、molecular mechanism、GEO、bioinformatics、ceRNA。本站分类：泌尿生殖系统疾病/不孕症。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Animal Systematics and Taxonomy、Veterinary Anaesthesiology and Intensive Care、Veterinary Anatomy and Physiology、Veterinary Diagnosis and Diagnostics、Veterinary Epidemiology、Veterinary Immunology。
【获取与许可】
源站页面：https://frontiersin.figshare.com/articles/dataset/Table_6_Identification_of_Potential_Molecular_Mechanism_Related_to_Infertile_Endometriosis_XLSX/19429115
使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
规范引用：Li, Xiushen; Guo, Li; Zhang, Weiwen; He, Junli; Ai, Lisha; Yu, Chengwei; et al. (2022). Table_6_Identification of Potential Molecular Mechanism Related to Infertile Endometriosis.XLSX. Frontiers. Dataset
【使用注意】
· 源站最后修改于 2023-06-08，引用时请注意版本时效。
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数据集获取（Figshare）
- 源站标题：Table_6_Identification of Potential Molecular Mechanism Related to Infertile Endometriosis.XLSX
- DOI：10.3389/fvets.2022.845709.s011
- 发布日期：2022-03-28
- 文件数：1 个
- 文件总体积：55.87 KB
- 源站页面：https://frontiersin.figshare.com/articles/dataset/Table_6_Identification_of_Potential_Molecular_Mechanism_Related_to_Infertile_Endometriosis_XLSX/19429115
命令行下载
curl -L -o "Table_6_Identification of Potential Molecular Mechanism Related to Infertile Endometriosis.XLSX" "https://ndownloader.figshare.com/files/34523036"
文件清单
Table_6_Identification of Potential Molecular Mechanism Related to Infertile Endometriosis.XLSX（55.87 KB）
文件总体积 55.87 KB（源站 API 实测）。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据说明
目的：本研究旨在探索不孕型子宫内膜异位症的生物信息学机制，以识别新的治疗靶点和分子机制。方法：利用基因表达综合数据库（GEO）下载不孕型子宫内膜异位症患者的mRNA测序数据。使用R软件中的“limma”包筛选差异表达基因（DEGs）。采用加权基因共表达网络分析（WGCNA）将基因分类为模块，进一步获得模块与不孕型子宫内膜异位症之间的相关系数。将与疾病最相关模块基因与DEGs的交集基因称为基因集1。为阐明不孕型子宫内膜异位症的分子机制和潜在治疗靶点，我们对这些交集基因进行了基因本体论（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析以及基因集富集分析（GSEA）。我们识别了与不孕相关的lncRNAs和miRNAs，并利用人类微小RNA疾病数据库（HMDD）、mirTarBase数据库和LncRNA疾病数据库构建了竞争性内源RNA（ceRNA）调控网络。
结果首先，采用WGCNA富集分析对不孕型子宫内膜异位症数据集GSE120103进行检验，我们发现Meorangered1模块与不孕型子宫内膜异位症的相关性最为显著。根据KEGG富集分析，交集基因主要富集于不同氨基酸的代谢、cGMP-PKG信号通路和cAMP信号通路。随后对Meorangered1模块基因和DEGs进行了生物信息学分析。对PPI网络中的枢纽基因进行了KEGG富集分析，结果与交集基因分析一致。最后，我们利用数据库鉴定了13个与不孕相关的miRNA和两个lncRNA，以构建与不孕型子宫内膜异位症相关的ceRNA调控网络。结论在本研究中，我们首次采用生物信息学方法确定氨基酸代谢可能是子宫内膜异位症患者不孕的主要原因，并为进一步
许可
CC BY 4.0
引用
学术使用请引用 DOI 10.3389/fvets.2022.845709.s011（source: https://frontiersin.figshare.com/articles/dataset/Table_6_Identification_of_Potential_Molecular_Mechanism_Related_to_Infertile_Endometriosis_XLSX/19429115）。
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