含海风藤血清干预MSU诱导THP-1巨噬细胞M1极化的RNA-seq

数据集获取

源站：https://doi.org/10.57760/sciencedb.016tm

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包含与一项研究相关的转录组测序数据，该研究探讨了在单钠尿酸盐（MSU）刺激及HFT含药血清干预下THP-1来源的巨噬细胞。它包括由体外细胞模型产生的原始RNA测序数据。数据生成：使用THP-1来源的M0巨噬细胞建立体外模型。实验包括四组：对照组，在正常条件下用10%空白血清和10%胎牛血清（FBS）培养；MSU组，暴露于MSU（100 μg/mL）24小时，然后在含有10%空白血清和10% FBS的新鲜培养基中再孵育24小时；MSU+HFT-L组，用MSU（100 μg/mL）处理24小时，然后在含有10%低剂量HFT含药血清和10% FBS的新鲜培养基中再孵育24小时；MSU+HFT-H组，用MSU（100 μg/mL）处理24小时，随后在含有10%高剂量HFT含药血清和10% FBS的新鲜培养基中再孵育24小时。

为进行转录组测序，选取Control组、MSU组和MSU+HFT-H组的细胞样本，每组设两个生物学重复，共获得六个样本。从细胞样本中提取总RNA，随后进行文库构建，并在Illumina平台上进行双端测序，生成原始测序reads。数据文件说明：该数据集由未处理的原始测序数据组成，采用压缩的FASTQ格式（.fq.gz），共包含12个文件。测序为双端测序，每个样本对应两个文件，分别对应Read 1和Read 2。文件命名规则为[sample_name]raw[1/2].fq.gz。样本与文件的对应关系如下：M0_1和M0_2：Control组的第一个和第二个生物学重复（例如，M0_1_raw_1.fq.gz和M0_1_raw_2.fq.gz代表样本M0_1的双端reads）。MSU_1和MSU_2：MSU组的第一个和第二个生物学重复。MSUHT1和MSUHT2：

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。