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创建/更新时间

2026-10-07

资源简介

E-GEOD-59781：对照与PAX2-siRNA转染人附睾上皮细胞的高通量测序转录谱

E-GEOD-59781 是一项基于高通量测序的转录谱分析数据集，研究对象为转染对照 siRNA 与 PAX2-siRNA 的人附睾上皮细胞。该数据集归属于泌尿生殖系统疾病及男性不育症方向，来源于 ebi.ac.uk，属于 Expression Atlas 中的差异表达实验，物种为 Homo sapiens。其核心目的在于通过比较对照组与 PAX2 敲低组细胞在基因表达层面的差异，揭示 PAX2 基因在人附睾上皮细胞中的转录调控作用。数据集以 Differential 为主题标签，整体设计围绕两组细胞之间的表达差异展开，适合用于探索附睾上皮细胞中与 PAX2 相关的分子机制研究。

【数据集背景】

该数据集属于转录组学层面的差异表达研究，聚焦于人附睾上皮细胞。附睾上皮细胞在男性生殖系统中承担重要功能，与精子成熟、运输及男性生育能力密切相关。PAX2 是一个在发育和器官形成中具有重要作用的转录因子，其在附睾上皮细胞中的功能尚未在本数据集中直接阐明，但通过 siRNA 敲低实验可以间接观察其表达变化对下游基因转录的影响。数据集被归类于泌尿生殖系统疾病与男性不育症方向，提示其可能服务于男性生殖相关的基础或转化研究。该实验采用高通量测序技术，相较于传统表达谱方法具有更高的分辨率和覆盖度，能够更全面地捕捉转录本水平的变化。

【数据内容】

数据集包含对照 siRNA 转染与 PAX2-siRNA 转染的人附睾上皮细胞的转录谱信息。实验通过高通量测序获取两组样本的基因表达数据，并以差异表达分析为核心输出。主题标签为 Differential，表明数据的主要形式是两组之间的表达差异比较结果。具体而言，数据可用于识别在 PAX2 敲低后表达水平发生显著变化的基因，包括上调或下调的转录本。数据集未提供样本数量、测序深度、差异基因数目等具体指标，源站未提供这些细节。

【采集与来源】

该数据集来源于 ebi.ac.uk，属于 Expression Atlas 实验记录，实验类型为 Differential。物种为 Homo sapiens，样本为人附睾上皮细胞。实验处理包括对照 siRNA 转染和 PAX2-siRNA 转染两种条件。测序策略为高通量测序，用于转录谱分析。源站描述中未提供样本采集地点、时间、伦理审批信息或具体实验流程，源站未提供这些内容。

【适用场景】

该数据集适用于研究 PAX2 基因在人附睾上皮细胞中的转录调控功能，可用于差异表达分析、通路富集分析或与其他附睾相关转录组数据的整合比较。在男性不育症和泌尿生殖系统疾病研究中，该数据可作为探索附睾上皮细胞分子机制的参考资源。此外，该数据也可用于验证 PAX2 相关靶基因或信号通路，但需结合其他实验证据。由于数据仅涉及体外细胞模型，其结论向临床或体内场景的外推需谨慎。

【使用方法】

使用者可通过 Expression Atlas 平台访问该实验记录，获取差异表达分析结果或原始测序数据。通常需要具备一定的转录组数据分析基础，例如使用 R 语言或相关生物信息学工具进行差异表达基因筛选、聚类分析或功能注释。若需复现分析，应参考源站提供的实验设计和数据处理流程。源站未提供具体的数据下载格式、分析参数或代码示例，源站未提供这些内容。

【质量与限制】

该数据集基于高通量测序，具有较高的技术分辨率，但仅包含体外细胞实验，无法完全反映体内附睾微环境的复杂性。PAX2-siRNA 敲低效率、脱靶效应以及细胞代次等因素可能影响结果可靠性。数据集未提供技术重复或生物学重复的具体信息，源站未提供相关质量指标。此外，该数据仅涵盖转录谱层面，不涉及蛋白表达或功能验证，因此结论需结合其他实验方法加以确认。

【引用与许可】

该数据集来源于 ebi.ac.uk，具体引用方式、许可协议及使用限制需参照源站说明。源站未提供详细的引用格式或许可条款，源站未提供这些内容。使用者在发表相关成果时应遵循源站要求的引用规范，并注意数据使用的伦理与法律要求。

原始链接

https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-GEOD-59781

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-GEOD-59781

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Expression Atlas experiment (Differential). Species: Homo sapiens. Transcription profiling by high throughput sequencing of control- and PAX2-siRNA-transfected human epididymis epithelial cells

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别