E-MTAB-2397：系统生物学方法揭示纳米颗粒的低剂量效应

数据围绕系统生物学方法揭示纳米颗粒的低剂量效应展开，可用于研究纳米颗粒在低剂量暴露下的基因表达差异及相关生物学响应。本站将其归类为化学诱发性障碍 / 其他（来源 ebi.ac.uk）

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基因组分类Differential

E-MTAB-2397: Systems biology approaches reveal low-dose effects of nanoparticles

基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-09

资源简介

E-MTAB-2397：系统生物学方法揭示纳米颗粒的低剂量效应

E-MTAB-2397 是一个以“系统生物学方法揭示纳米颗粒的低剂量效应”为主题的表达谱实验数据集，来源于 ebi.ac.uk，属于 Expression Atlas 中的差异表达实验（Differential）。该数据集以 Homo sapiens 为研究对象，围绕纳米颗粒在低剂量暴露条件下所引发的基因表达差异及相关生物学响应展开，可用于观察低剂量纳米颗粒作用下的转录层面变化。本站将其归类为化学诱发性障碍 / 其他，主题标签为 Differential。整体而言，该数据集适合作为研究纳米颗粒低剂量生物学效应、差异表达分析以及系统生物学层面响应机制的参考数据资源。

【数据集背景】

该数据集的全称为“E-MTAB-2397: Systems biology approaches reveal low-dose effects of nanoparticles”，从名称可以看出，其研究背景聚焦于纳米颗粒的低剂量效应，并采用系统生物学方法来揭示这些效应。纳米颗粒在环境与生物体内的暴露往往涉及较低剂量，而低剂量条件下的生物学响应可能并不直观，因此需要借助系统层面的表达谱分析加以刻画。该数据集来源于 ebi.ac.uk，属于 Expression Atlas 中的差异表达实验，物种为 Homo sapiens。本站将其归入化学诱发性障碍 / 其他类别，主题标签为 Differential，说明该数据在分类体系中与化学诱发性障碍相关，并以差异表达为主要特征。

【数据内容】

该数据集的核心内容为差异表达实验数据，主题标签为 Differential。其研究主题是系统生物学方法揭示纳米颗粒的低剂量效应，因此数据内容围绕纳米颗粒低剂量暴露下的基因表达差异及相关生物学响应展开。源站描述中明确其为 Expression Atlas experiment (Differential)，物种为 Homo sapiens。除上述信息外，关于具体样本数量、基因数量、表达值矩阵、分组方式、统计结果等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ebi.ac.uk，属于 Expression Atlas 中的差异表达实验。其英文名称为 E-MTAB-2397: Systems biology approaches reveal low-dose effects of nanoparticles。源站描述为 Expression Atlas experiment (Differential)，物种为 Homo sapiens，并指出该系统生物学方法用于揭示纳米颗粒的低剂量效应。关于具体的实验材料、处理条件、测序或芯片平台、采样时间点、剂量设置等采集细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于研究纳米颗粒在低剂量暴露下的基因表达差异及相关生物学响应。由于其为差异表达实验，可用于差异表达分析、系统生物学层面的响应机制探索，以及纳米颗粒低剂量效应的转录组层面观察。本站将其归类为化学诱发性障碍 / 其他，因此也可作为该分类下相关研究的数据参考。关于更具体的适用分析类型、疾病模型或毒理评估场景，源站未提供。

【使用方法】

该数据集来源于 ebi.ac.uk 的 Expression Atlas，属于差异表达实验。通常可通过 Expression Atlas 相关页面访问该实验的差异表达结果。关于具体的下载方式、文件格式、分析流程、参数设置及复现步骤，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 Expression Atlas 中的差异表达实验，物种为 Homo sapiens，主题标签为 Differential。其研究主题为系统生物学方法揭示纳米颗粒的低剂量效应。关于数据质量评估、批次效应、样本量、统计显著性阈值、覆盖度及潜在偏差等具体限制，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 ebi.ac.uk，英文名称为 E-MTAB-2397: Systems biology approaches reveal low-dose effects of nanoparticles。关于具体的引用格式、作者列表、发表文献及许可条款，源站未提供。

原始链接

https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-MTAB-2397

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-MTAB-2397

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Expression Atlas experiment (Differential). Species: Homo sapiens. Systems biology approaches reveal low-dose effects of nanoparticles

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别