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创建/更新时间

2026-10-07

资源简介

E-GEOD-53280：感染 Salmonella Typhimurium 的 HeLa 细胞转录组分析

E-GEOD-53280 是一个聚焦于宿主细胞在细菌感染条件下转录响应的高通量基因表达数据集，全称为“Transcriptomic profiling of HeLa cells infected with Salmonella Typhimurium”。该数据集记录了人源 HeLa 细胞在感染鼠伤寒沙门氏菌后的转录组表达谱，属于表达谱差异分析类实验数据。从整体上看，它为研究细菌感染如何重塑宿主细胞基因表达提供了直接的实验依据，可用于识别感染过程中被激活或抑制的基因，并进一步探讨宿主与病原体之间的分子互作机制。该数据在分类上归属于感染与感染性疾病方向，来源为 ebi.ac.uk，适合从事感染生物学、转录组学和宿主-病原互作研究的人员参考使用。

【数据集背景】

鼠伤寒沙门氏菌是一种重要的胞内致病菌，能够侵入宿主细胞并在其中生存和繁殖，引发一系列感染相关疾病。HeLa 细胞作为常用的人源细胞模型，在感染生物学研究中被广泛用于观察细菌侵入宿主后的早期转录事件。该数据集正是围绕这一感染模型展开，通过转录组层面的差异表达分析，刻画宿主细胞在感染压力下的基因表达变化。其主题标签为“Differential”，表明该实验的核心目的在于比较感染与对照条件下的表达差异，从而揭示感染引发的宿主转录响应特征。该数据属于 Expression Atlas 中的 Differential 实验，物种为 Homo sapiens，来源站为 ebi.ac.uk。

【数据内容】

该数据集的内容为 HeLa 细胞感染鼠伤寒沙门氏菌后的转录组表达谱。从描述来看，数据覆盖感染条件下宿主细胞的基因表达变化，可用于研究细菌感染引发的转录响应、筛选差异表达基因，以及开展感染性疾病相关的宿主-病原互作分析。数据以差异表达分析为核心，意味着其内容不仅包含基因水平的表达信息，还涉及感染组与对照组之间的比较结果。具体涵盖的基因数量、样本数量、差异表达基因列表、统计显著性指标以及表达量数值等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ebi.ac.uk，属于 Expression Atlas 中的 Differential 实验。物种信息明确为 Homo sapiens，实验对象为 HeLa 细胞，感染病原为 Salmonella Typhimurium。数据分类归属于感染 / 感染性疾病，主题标签为 Differential。关于具体的实验平台、测序或芯片技术、样本制备流程、感染时间点、感染复数、重复次数以及数据处理管线等信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于多个研究场景。首先，可用于研究细菌感染引发的宿主转录响应，帮助理解 HeLa 细胞在鼠伤寒沙门氏菌感染后哪些基因表达发生改变。其次，可用于筛选差异表达基因，为后续功能验证提供候选基因列表。第三，可用于感染性疾病相关的宿主-病原互作分析，探索宿主细胞对细菌感染的分子应答网络。此外，该数据还可作为转录组差异分析的方法学参考，或与其他感染相关表达谱数据集进行比较研究。需要说明的是，具体适用场景的深度和范围受限于源站所提供的信息。

【使用方法】

该数据集可通过来源站 ebi.ac.uk 获取，属于 Expression Atlas 中的 Differential 实验。用户可根据源站提供的访问入口下载或在线查看表达谱数据及差异分析结果。在使用时，建议结合实验设计信息理解感染组与对照组的比较方式，并根据差异表达结果开展下游分析，如功能富集、通路分析或宿主-病原互作网络构建。关于具体的文件格式、数据下载方式、分析工具推荐以及版本更新信息，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 ebi.ac.uk 的 Expression Atlas，属于经过整理的差异表达实验数据，具有一定的规范性和可参考性。其物种和细胞模型明确，感染病原清晰，主题标签为 Differential，便于用户快速判断数据用途。然而，关于样本量、重复数、统计阈值、归一化方法、批次效应处理以及数据完整性等质量相关指标，源站未提供。此外，该数据基于 HeLa 细胞模型，其结果能否直接推广至其他细胞类型或体内感染情境，需要谨慎评估。具体限制条件源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ebi.ac.uk，属于 Expression Atlas 实验数据。关于具体的引用方式、原始文献、作者信息、许可协议以及使用条款，源站未提供。用户在使用该数据集时，应遵循来源站的相关规定，并建议查阅源站页面以获取最新的引用和许可信息。

原始链接

https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-GEOD-53280

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-GEOD-53280

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Expression Atlas experiment (Differential). Species: Homo sapiens. Transcriptomic profiling of HeLa cells infected with Salmonella Typhimurium

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别