癌细胞系百科全书

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癌细胞系百科全书

【一句话概览】

CCLE 数据集提供经处理的最新数据，涵盖细胞系注释与遗传数据，包括合并突变调用、329 个细胞系的结构变异、ABSOLUTE 拷贝数分析及按基因拷贝数值和分段拷贝数谱。RNA 表达数据包含 1019 个细胞系的 RNAseq 基因表达（RPKM、RSEM 基因与转录本、read counts、外显子包含率及分母）和 miRNA 表达。此外还有融合调用、表观遗传与组蛋白修饰数据（RRBS DNA 甲基化、启动子与增强子甲基化、H3 修饰 MRM）、蛋白质组数据（RPPA 及质谱）和代谢组数据（来源 sites.broadinstitute.org）。

【数据集背景】

本数据集源站标题为《Datasets | Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE)》。

【数据内容】

源站原始描述：Datasets Processed Data CCLE data Broad DepMap Portal : The most recently processed and up-to-date CCLE datasets along with many perturbation datasets. List of Cell lines Cell line annotations Genetic Data Merged mutation calls (Coding regions, germlin filtered) CCLE structural variants (SvABA calls) for 329 cell lines CCLE ABSOLUTE copy number analysis results Copy-number values per gene Segmented copy-number profiles in the .seg file format. (hg19) RNA Expression Data CCLE RNAseq gene expressi…

中文译文（机器翻译，仅供快速理解，请以原文为准）：数据集 处理后数据 CCLE数据 Broad DepMap门户：最新处理且最前沿的CCLE数据集，以及众多扰动数据集。 细胞系列表 细胞系注释 遗传数据 合并突变调用（编码区，经生殖细胞过滤） 329个细胞系的CCLE结构变异（SvABA调用） CCLE ABSOLUTE拷贝数分析结果 每个基因的拷贝数值 以.seg文件格式的分段拷贝数概况。（hg19） RNA表达数据 1019个细胞系的CCLE RNAseq基因表达数据（RPKM） 1019个细胞系的CCLE RNAseq基因表达数据（RSEM，基因） 1019个细胞系的CCLE RNAseq基因表达数据（RSEM，转录本） 1019个细胞系的CCLE RNAseq基因表达数据（读取计数） 1019个细胞系的CCLE RNAseq基因表达数据（外显子包含比率） 1019个细胞系的CCLE RNAseq基因表达数据（外显子包含比率分母） 基因定义（GENCODE19，GTEx7） CCLE miRNA表达数据 融合调用 1019个细胞系的融合调用（已过滤） 未过滤的STAR-Fusion调用 表观遗传与组蛋白修饰数据 通过RRBS的DNA甲基化 启动子甲基化 - 启动子上游1 Kb 启动子甲基化 - CpG簇 CCLE DNA甲基化数据（CpG岛） 增强子甲基化（来自VISTA的557个增强子区域） RRBS - 原始测序读取 RRBS - 处理数据 ？（上述a-d） 通过质谱反应监测（MRM）的批量组蛋白H3修饰 CCLE全局染色质 profiling 数据 蛋白质组学数据 CCLE反向相位蛋白质阵列（RPPA）数据 RPPA抗体信息 质谱数据 代谢组学数据 CCLE代谢组学数据集（清洁，插补）

【主题与分类】

主题标签：Cancer Cell Line Encyclopedia、CCLE、cell lines、mutation、copy number、RNA expression、miRNA expression、DNA methylation、histone modification、proteomics。

【适用方向】

多模态数据适合跨模态对齐、融合建模与联合表征学习方向的研究。

【获取与许可】

源站页面：https://sites.broadinstitute.org/ccle/datasets