狩猎采集者与传统农民口腔微生物组数据：共生平衡与病原负荷随饮食变化

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.sn00q

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数据集大小约 2.58 GB。

数据说明

对现代饮食的不适应已被认为与多种慢性疾病有关。鉴于工业化社会中龋齿和慢性牙龈疾病等疾病的患病率较高，我们试图研究不同生计策略对口腔健康和生理的影响，并以口腔微生物组为记录依据。为控制环境和宿主遗传等混杂变量，我们从菲律宾三对居住地相近的狩猎采集者和传统农民群体中采集了唾液样本。唾液DNA的深度鸟枪法测序获得了高覆盖度的微生物组以及人类基因组。将这些微生物组与来自西方饮食个体的公开可用数据进行比较后发现，核心物种的丰度比与生计策略显著相关，狩猎采集者和西方人分别占据奈瑟菌属与嗜血杆菌属梯度的两端，而传统农民则处于中间。在狩猎采集者中优先发现的物种包括通常被视为口腔病原体的微生物，尽管其宿主的口腔健康状况显然良好。

基因功能的判别分析揭示，维生素B5自养和脲酶介导的pH调节分别是微生物组对狩猎采集者和西方饮食的候选适应性特征。这些结果表明，饮食的重大转变筛选出了不同的共生微生物群落，并可能在现代口腔病原体的出现中发挥了作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。