GNPS 小鼠皮炎模型表皮脂质谱分析：潜在生物标志物鉴定

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/gnps/MSV000080197

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

脂质是皮肤重要的结构和功能成分。表皮脂质组成的改变可导致皮肤屏障功能减弱，并与特应性皮炎等疾病相关。SHARPIN缺陷的cpdm小鼠会发展出与人类特应性皮炎相似的慢性皮炎。在此，我们采用一种名为多反应监测（MRM）谱分析的新型质谱分析策略，快速识别具有判别力的脂质离子。与野生型小鼠相比，cpdm小鼠表皮中观察到更短的脂肪酰基残基以及鞘氨醇神经酰胺相对含量增加。这些变化伴随着编码脂肪酸合成酶的Fasn基因下调。对与多种脂质相关的300多对离子（代表母体分子和碎片）进行快速筛查，使得cpdm小鼠和野生型小鼠的表型谱分析和区分成为可能。通过产物离子筛查（MS/MS）确认了最显著离子对的初步归属。

鞘氨醇神经酰胺CerAS(d18:1/24:0)OH、CerAS(d18:1/16:0)OH和CerNS(d18:1/16:0)的相对定量能够以100%的准确率区分这两组，而游离脂肪酸中的蜡酸、16-羟基棕榈酸和二十二碳六烯酸(DHA)的准确率为96.4%。MRM谱分析被提出作为一种加速的前瞻性生物标志物发现方法。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。