Lupus Extended Phenotype Cohort 结缔组织病供者血液 RNA-seq
主题标签:结缔组织疾病、RNA-seq、血液、转录组。本站分类:皮肤与结缔组织疾病/结缔组织疾病。本数据集为皮肤与结缔组织疾病领域公开数据集,主题涵盖结缔组织疾病。

基本信息
资源简介
Lupus Extended Phenotype Cohort 结缔组织病供者血液 RNA-seq
该数据集英文名为 RNA-seq of blood from donors with connective tissue diseases in the Lupus Extended Phenotype Cohort,来源于 ebi.ac.uk,属于皮肤与结缔组织疾病 / 结缔组织疾病分类下的公开数据集。其主题标签涵盖结缔组织疾病、RNA-seq、血液与转录组,核心内容是对狼疮扩展表型队列中结缔组织疾病供者血液样本进行 RNA 测序所获得的转录组数据。数据集由 Leo Zeef 于 2019 年发布,在 ArrayExpress 平台以 E-MTAB-7080 编号公开,可为结缔组织疾病相关研究提供血液转录组层面的数据资源。
【数据集背景】
该数据集面向结缔组织疾病这一疾病领域。结缔组织疾病是一类累及结缔组织的疾病集合,狼疮扩展表型队列即围绕此类疾病建立的研究队列。数据集以该队列中结缔组织疾病供者为研究对象,采用 RNA 测序技术对血液样本进行转录组层面的观测,形成可公开获取的数据集。源站描述中给出了数据集的正式名称、发布者 Leo Zeef、发布年份 2019 以及 ArrayExpress 实验编号 E-MTAB-7080,这些信息构成了该数据集的基本出处背景。
【数据内容】
数据集的主题标签为结缔组织疾病、RNA-seq、血液、转录组,表明其数据内容属于血液样本的 RNA 测序转录组数据。数据来自狼疮扩展表型队列中患有结缔组织疾病的供者。关于样本数量、测序平台、读长、数据文件格式与规模等具体内容,源站未提供。
【采集与来源】
数据采集自狼疮扩展表型队列中结缔组织疾病供者的血液样本,检测手段为 RNA 测序。数据集的来源站为 ebi.ac.uk,在 ArrayExpress 平台以实验编号 E-MTAB-7080 发布,发布者为 Leo Zeef,发布年份为 2019。关于采样时间、采样地点、伦理审批与知情同意等具体采集信息,源站未提供。
【适用场景】
基于其主题标签与分类,该数据集适用于结缔组织疾病领域的转录组研究,尤其是围绕血液样本的基因表达分析;也可用于狼疮扩展表型队列相关的探索性研究,以及结缔组织疾病之间或与其他疾病转录组特征的比较分析。关于数据集已验证的具体应用案例或分析结论,源站未提供。
【使用方法】
该数据集通过 ebi.ac.uk 的 ArrayExpress 平台以 E-MTAB-7080 编号公开,使用者可依据该编号在平台检索并获取数据。关于数据下载格式、预处理流程、分析工具与参数设置等具体使用说明,源站未提供。
【质量与限制】
数据集为公开数据集,来源站为 ebi.ac.uk,发布信息完整可查。关于数据质量评估指标、缺失值情况、批次效应、样本代表性等质量与限制方面的具体信息,源站未提供。
【引用与许可】
引用信息为:Leo Zeef (2019). RNA-seq of blood from donors with connective tissue diseases in the Lupus Extended Phenotype Cohort [Dataset]. https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/experiments/E-MTAB-7080。关于该数据集的许可条款与使用限制,源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ebi.ac.uk/arrayexpress/experiments/E-MTAB-7080
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Leo Zeef(2019)。狼疮扩展表型队列中结缔组织病供者血液的RNA-seq【数据集】。https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/experiments/E-MTAB-7080
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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