TRACE：跨疾病转录组药物重定位数据-87028

数据集获取

源站：https://doi.org/10.17632/rp7bx6f63b

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 17.6 MB。

数据说明

本数据集包含支持手稿《TRACE：一种用于转录组药物重定位的外部验证跨疾病框架》（Oza，N.）的所有处理及衍生数据。TRACE（转录组逆转与汇聚证据）是一种计算药物重定位框架，它根据1,768种LINCS L1000小分子化合物逆转疾病相关基因表达特征的能力对其进行评分，并在三种跨越纤维化和自身免疫/炎症病理生理学的独立疾病中进行了基准测试：特发性肺纤维化（IPF）、类风湿关节炎（RA）和溃疡性结肠炎（UC）。

该数据集分为十一个文件夹：differential_expression（三种疾病所用的全部10个GEO队列的逐队列差异表达结果）、disease_signatures（IPF、RA和UC的荟萃分析共识特征）、drug_scores（全部1,768种药物在三种疾病中的逆转评分和网络传播评分）、known_actives（每种疾病经整理的阳性与阴性对照化合物列表）、crispr（全基因组CRISPR敲除逆转筛选结果）、l2s2（扩展的2,834化合物药物空间逆转评分）、scrna（单细胞AT2→AT1肺泡上皮转化特征及相关药物评分）、vae（变分自编码器潜在空间药物嵌入及逆转评分）、faers（FDA不良事件报告系统药物警戒不相称性结果）、mendelian_randomization（HMGCR针对IPF的药物靶点孟德尔随机化结果）以及validation（外部验证结果，包括在独立留出队列上的跨队列可重复性、临床前活性集富集、与RGES最先进方法的头对头比较，以及置换/自助法统计）。

原始输入数据未在此处重新分发，仍可从其原始来源获取，这些来源已在随附的README中引用：NCBI基因表达综合数据库（按队列列出的GEO登录号）、LINCS L1000

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。