小鼠肺单细胞编码RNA的scRNA-seq与TCR-seq（10x Chromium 5' v2双索引）
数据可用于研究小鼠肺免疫细胞的转录组与TCR repertoire差异，比较处理与对照条件下的细胞状态和克隆特征（来源 BioStudies）
基本信息
资源简介
小鼠肺单细胞编码RNA的scRNA-seq与TCR-seq（10x Chromium 5' v2双索引）
Single cell RNA-seq and TCR-seq of coding RNA from single cells in the mouse lung using 10x Chromium Single Cell 5' Reagent Kits User Guide (v2 Chemistry Dual Index)
该数据集来自ebi.ac.uk，包含小鼠肺单核细胞（MNCs）在有无7DW8-5处理条件下的单细胞RNA-seq与TCR-seq数据，采用10x Chromium Single Cell 5' Reagent Kits（v2 Chemistry Dual Index）建库，样本分Saline1、Saline2（无7DW8-5）和7DW1、7DW2（有7DW8-5）四通道，经Illumina NovaSeq测序产出Fastq文件。数据可用于研究小鼠肺免疫细胞的转录组与TCR repertoire差异，比较处理与对照条件下的细胞状态和克隆特征（来源 BioStudies）。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：根据制造商说明，使用小鼠肺MNCs中分离的单细胞编码RNA进行单细胞RNA-seq和TCR-seq，细胞分别来自有或无7DW8-5处理的小鼠。简言之，将小鼠肺MNCs中的单细胞与小鼠Fc block孵育，然后用抗小鼠CD45+抗体和DAPI染色。分选出的活CD45+DAPI-单细胞被加载到10x Genomics ChromiumTM控制器（样本分为4个通道：Saline1和Saline2未用7DW8-5处理，7DW1和7DW2用7DW8-5处理）中，与带有独特条形码的5'凝胶珠形成纳升级液滴，称为GEMs。经过GEM-RT及后续一些cDNA扩增步骤后，来自细胞mRNA的cDNA被合并用于下游处理和文库制备，按照制造商说明进行。5'转录本文库和TCR文库用Illumina Novaseq测序。Fastq
【主题与分类】
主题标签：RNA-seq of coding RNA from single cells、Mus musculus。本站分类：呼吸系统疾病。
【获取与许可】
源站页面：https://ebi.ac.uk/biostudies/studies/E-MTAB-11770
下载信息
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源站：https://ebi.ac.uk/biostudies/studies/E-MTAB-11770
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
E-MTAB-11770 使用10x Chromium单细胞5’试剂盒用户指南（v2化学双索引）对小鼠肺单细胞编码RNA进行单细胞RNA测序和TCR测序 单细胞编码RNA测序 EFO EFO_0005684 小家鼠 进行了单细胞RNA测序和TCR测序
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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