PRJNA971535：单细胞分析识别儿童急性呼吸窘迫综合征的独特特征
该数据集来自 NCBI，包含因急性呼吸衰竭入住儿科重症监护病房婴儿气管抽吸物的微生物测序与单细胞基因表达纵向数据。数据覆盖气管抽吸物上皮细胞、单核吞噬细胞和中性粒细胞的转录特征，并与疾病严重程度、急性呼吸衰竭病因及采样时间点相关联
基本信息
资源简介
PRJNA971535：单细胞分析识别儿童急性呼吸窘迫综合征的独特特征
PRJNA971535 数据集聚焦于儿童急性呼吸窘迫综合征（pediatric acute respiratory distress syndrome，pARDS）的分子特征刻画。急性呼吸窘迫综合征在儿童中被称为 pARDS，是急性呼吸衰竭（acute respiratory failure，ARF）的一种严重形式，与显著的发病率和死亡率相关，病理性免疫反应被认为参与了 pARDS 的发生发展。该数据集通过对因急性呼吸衰竭入住儿科重症监护病房（PICU）婴儿的气管抽吸物（tracheal aspirates，TAs）进行纵向采样，整合微生物测序与单细胞基因表达数据，刻画气管抽吸物中上皮细胞、单核吞噬细胞（mononuclear phagocyte，MNP）和中性粒细胞的转录特征，并将这些特征与受试者的疾病严重程度、急性呼吸衰竭病因及采样时间点相关联。数据以原始序列读长（Raw sequence reads）的形式提供，来源于 NCBI。
【数据集背景】
急性呼吸窘迫综合征是急性呼吸衰竭的一种严重形式，在儿童患者中称为儿童急性呼吸窘迫综合征（pARDS），与显著的发病率和死亡率相关。病理性免疫反应被认为参与了 pARDS 的发生发展。该数据集所对应的研究旨在通过对气管抽吸物的微生物测序和单细胞基因表达分析，提供对 pARDS 免疫与转录特征的独特描述，从而加深对这一儿科危重症的理解。
【数据内容】
该数据集包含来自因急性呼吸衰竭入住儿科重症监护病房婴儿的气管抽吸物的微生物测序数据与单细胞基因表达数据，采样方式为纵向采样。数据覆盖气管抽吸物中上皮细胞、单核吞噬细胞和中性粒细胞的转录特征。研究观察到气管抽吸物上皮细胞、单核吞噬细胞和中性粒细胞的转录改变与受试者的疾病严重程度、急性呼吸衰竭病因以及采样时间点相关。具体而言，与无至轻度 pARDS 患者相比，中度至重度 pARDS 患者表现出干扰素刺激基因（interferon stimulated gene，ISG）表达降低、单核吞噬细胞转录程序改变等特征。数据集的主题标签为原始序列读长（Raw sequence reads）。
【采集与来源】
样本采集对象为因急性呼吸衰竭入住儿科重症监护病房的婴儿，采集样本为气管抽吸物，并采用纵向采样策略获取。数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，数据集英文名称为“PRJNA971535: Single Cell Analysis Identifies Distinct Profiles in Pediatric Acute Respiratory Distress Syndrome”。在本站分类中，该数据集归入呼吸系统疾病 / 其他类别。
【适用场景】
该数据集适用于呼吸系统疾病特别是儿童急性呼吸窘迫综合征相关的研究场景，可用于分析气管抽吸物中微生物组成与宿主单细胞基因表达的联合特征；可用于比较不同疾病严重程度（中度至重度 pARDS 与无至轻度 pARDS）之间的转录差异，例如干扰素刺激基因表达水平与单核吞噬细胞转录程序的变化；也可用于考察急性呼吸衰竭病因和采样时间点对上皮细胞、单核吞噬细胞及中性粒细胞转录特征的影响。其原始序列读长形式适合作为二次分析的起点。
【使用方法】
源站未提供。
【质量与限制】
源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA971535
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
急性呼吸窘迫综合征（ARDS）在儿童中称为儿童急性呼吸窘迫综合征（pARDS），是急性呼吸衰竭（ARF）的一种严重形式，与显著的发病率和死亡率相关。病理性免疫反应被认为参与了pARDS的发生发展。本文中，我们首次对因ARF入住儿科重症监护病房（PICU）的婴儿纵向采集的气管吸出物（TAs）进行了微生物测序和单细胞基因表达的独特描述。TA上皮细胞、单核吞噬细胞（MNP）和中性粒细胞的转录发生了重要改变，这些改变与受试者的疾病严重程度、病因（ARF的病因）以及采样时间点相关。具体而言，与无pARDS至轻度pARDS的患者相比，在中度至重度pARDS患者中，我们发现了干扰素刺激基因（ISG）表达降低、MNP转录程序改变，以及与老化中性粒细胞独特转录谱相关的进行性气道中性粒细胞增多。我们进一步鉴定出叶酸受体3（Gamma；FOLR3）是一种在中度或重度pARDS患者中富集的中性粒细胞产物。
我们的研究结果表明，pARDS的特征在于具有病因和严重程度依赖性的独特炎症细胞谱，并提示ISG诱导不足、修复相关巨噬细胞转录程序的改变以及气道中衰老中性粒细胞的积聚，参与了RSV所致中重度pARDS的发病机制。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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