丙戊酸诱导自闭症谱系障碍小鼠肠道菌群纵向配对16S rRNA V4分析及调肝理脾开闭方及其主要黄酮类成分治疗

该数据集来自 NCBI BioProject（ID 1529786），为丙戊酸诱导孤独症谱系障碍小鼠模型的肠道菌群研究，采用纵向配对设计，对 16S rRNA V4 区域进行测序，并涉及调肝理脾开闭方及其主要黄酮类化合物的治疗干预

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基因组分类Raw sequence reads

PRJNA1529786: Longitudinal paired 16S rRNA V4 profiling of gut microbiota in valproic acid-induced autism spectrum disorder mice treated with Tiao Gan Li Pi Kai Bi Formula and its principal flavonoids

基本信息

模态

基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

丙戊酸诱导自闭症谱系障碍小鼠肠道菌群纵向配对16S rRNA V4分析及调肝理脾开闭方及其主要黄酮类成分治疗

PRJNA1529786 是 NCBI BioProject 数据库中的一项生物研究项目，全称为“Longitudinal paired 16S rRNA V4 profiling of gut microbiota in valproic acid-induced autism spectrum disorder mice treated with Tiao Gan Li Pi Kai Bi Formula and its principal flavonoids”。该数据集聚焦于丙戊酸诱导的孤独症谱系障碍小鼠模型，采用纵向配对设计，对肠道菌群 16S rRNA V4 区域进行测序分析，并涉及调肝理脾开闭方及其主要黄酮类化合物的治疗干预。项目归类于妊娠、分娩和产褥期/其他方向，主题标签为原始序列读长（Raw sequence reads），来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。该数据集为研究肠道菌群在孤独症谱系障碍模型及中药方剂干预下的动态变化提供了原始测序数据基础。

【数据集背景】

该数据集来自 NCBI BioProject，项目编号为 1529786。BioProject 是 NCBI 中用于汇集与某一特定研究计划相关的各类生物数据的记录，这些数据通常源自单一组织或联合体。一个 BioProject 记录为用户提供统一入口，以便查找该项目所产生的多种数据类型。本项目围绕丙戊酸诱导的孤独症谱系障碍小鼠模型展开，研究涉及调肝理脾开闭方及其主要黄酮类化合物的治疗干预，并采用纵向配对设计对肠道菌群进行 16S rRNA V4 区域测序分析。该研究属于妊娠、分娩和产褥期/其他分类方向，主题标签为原始序列读长。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，即原始序列读长。研究采用纵向配对设计，对丙戊酸诱导孤独症谱系障碍小鼠模型的肠道菌群进行 16S rRNA V4 区域测序。项目全称中提及调肝理脾开闭方及其主要黄酮类化合物的治疗干预。关于样本数量、测序深度、具体序列条数、操作分类单元数量、多样性指数等具体指标，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI BioProject 数据库，项目 ID 为 1529786。BioProject 记录汇集了与单一研究计划相关的生物数据，这些数据来自单一组织或联合体。关于样本采集的具体地点、时间、小鼠品系、饲养条件、给药方案、测序平台及试剂等详细信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肠道菌群研究领域，特别是针对丙戊酸诱导孤独症谱系障碍小鼠模型的纵向配对 16S rRNA V4 测序分析。可应用于探讨调肝理脾开闭方及其主要黄酮类化合物对肠道菌群的影响，以及孤独症谱系障碍与肠道菌群之间关系的相关研究。由于主题标签为原始序列读长，该数据可用于需要原始测序读长的二次分析或方法学比较。关于该数据集是否适用于临床诊断、药物开发或特定生物标志物验证等场景，源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 NCBI BioProject 数据库访问，项目 ID 为 1529786。BioProject 记录为用户提供统一入口，以便查找与该项目相关的多种数据类型。用户可根据项目编号在 NCBI 中检索并获取原始序列读长数据。关于具体的数据下载格式、分析流程、软件参数或配套分析脚本，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，主题标签为原始序列读长。关于数据质量评估指标、测序错误率、嵌合体去除情况、序列过滤标准、样本重复性、批次效应控制等具体质量信息，源站未提供。此外，关于该数据集在纵向配对设计中的样本配对完整性、时间点设置、缺失数据处理方式等限制信息，源站未提供。

【引用与许可】

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1529786

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1529786

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该BioProject包含来自雄性和雌性小鼠粪便样本的双端16S rRNA基因（V4区）扩增子测序数据。肠道菌群失调与自闭症谱系障碍（ASD）的关联日益受到关注。本研究采用丙戊酸（VPA）诱导的ASD小鼠模型，探讨中药复方调肝理脾开秘方（TGLPKB）及其主要黄酮类成分（山奈酚和木犀草素）是否能够重塑肠道菌群。将VPA暴露的妊娠BALB/c小鼠所产的60只子代（30只雄性，30只雌性）随机分为十组（每组n = 6）：未处理对照组、VPA模型组、利培酮组（0.1 mg/kg/天）、TGLPKB低、中、高剂量组，以及山奈酚和木犀草素低、高剂量组。所有处理均通过灌胃给药，每日一次，连续21天。在首次灌胃前（基线）和末次灌胃后次日（处理后）从同一60只动物采集粪便样本，共获得120份配对样本。测序分两批进行（基线和处理后），所有样本均通过单一统一的生物信息学流程进行处理。

该数据集支持在小鼠个体内对治疗组之间微生物群落组成和多样性进行双重差分比较。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别