PRJNA1405360:小鼠粪便样本16S rRNA基因原始测序数据

数据以原始序列读长(Raw sequence reads)形式提供,可用于微生物群落组成与多样性分析。本站将其归类于呼吸系统疾病/哮喘方向,提示该数据可能服务于呼吸道疾病相关研究,但源站未提供具体的实验设计、样本数量、测序平台及分析结论等信息(来源 NCBI)

sra
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基因组Raw sequence reads
PRJNA1405360: Raw 16S rRNA gene sequencing data generated from mouse fecal samples

基本信息

模态
基因组
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA1405360:小鼠粪便样本16S rRNA基因原始测序数据

PRJNA1405360 是一项收录于 NCBI BioProject 数据库的原始 16S rRNA 基因测序数据资源,数据来源于小鼠(Mus musculus)粪便样本,以原始序列读长(Raw sequence reads)的形式提供。该数据集在本站被归类于呼吸系统疾病 / 哮喘方向,提示其可能服务于呼吸道疾病相关研究。16S rRNA 基因测序是微生物群落组成与多样性分析的常用手段,因此这批数据可用于考察样本中细菌群落的分类构成与丰度分布。需要说明的是,源站目前仅提供项目层级的基本登记信息,未给出具体的实验设计、样本数量、测序平台及分析结论等内容,使用者需结合原始数据自行判断其适用性。

【数据集背景】

该数据集的源站标题为“Mus musculus (ID 1405360) - BioProject - NCBI”,属于 NCBI BioProject 体系下的一个项目记录。BioProject 是围绕某一项单一研究计划或倡议而汇集起来的生物学数据集合,其来源可以是单一机构,也可以是一个联合体。BioProject 记录的核心作用,是为用户提供一个统一的入口,以便查找该项目所产生的各类不同数据类型。就本项目而言,其登记的对象是小鼠粪便样本的 16S rRNA 基因测序数据,项目编号为 PRJNA1405360。本站将其归入呼吸系统疾病 / 哮喘分类,这一归类提示该数据可能与呼吸道疾病方向的研究存在关联,但源站并未就此给出进一步的说明。

【数据内容】

本项目提供的数据类型为原始序列读长(Raw sequence reads),即测序仪直接产出的原始序列数据,尚未经过拼接、过滤、聚类或物种注释等下游处理。数据来源于小鼠粪便样本,靶标为 16S rRNA 基因。16S rRNA 基因测序通常用于解析环境或宿主样本中微生物群落的组成与多样性,因此这批原始读长可用于微生物群落组成与多样性分析。除上述内容外,关于具体的测序区域、读长长度、数据量、文件格式等细节,源站未提供。

【采集与来源】

样本来源物种为小鼠(Mus musculus),样本类型为粪便。数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,即美国国家生物技术信息中心(NCBI)的 BioProject 数据库。项目编号为 PRJNA1405360。关于采样时间、采样地点、样本分组、饲养条件、伦理审批信息等,源站未提供。

【适用场景】

基于现有信息,该数据集适用于以小鼠粪便微生物群落为对象的 16S rRNA 基因扩增子分析,例如微生物群落组成与多样性的评估。由于本站将其归类于呼吸系统疾病 / 哮喘方向,该数据也可能被用于呼吸道疾病相关的微生物组研究,例如探讨肠道菌群与肺部疾病之间的关联。但需要强调的是,源站未提供具体的实验设计、样本数量、测序平台及分析结论等信息,因此上述适用场景仅为基于数据类型与分类标签的一般性说明,实际可用性需由使用者根据原始数据判断。

【使用方法】

该数据集以原始序列读长形式提供,使用者通常需要自行完成后续分析流程,包括序列质控与过滤、嵌合体去除、可操作分类单元(OTU)或扩增子序列变体(ASV)的聚类、物种注释以及多样性统计等步骤。具体采用何种流程,取决于研究目的与所选分析工具。关于本项目推荐的分析流程、参考数据库或参数设置,源站未提供。

【质量与限制】

本项目提供的是原始测序读长,未经下游处理,其质量取决于原始测序过程,相关质控指标源站未提供。此外,源站未提供具体的实验设计、样本数量、测序平台及分析结论等信息,这在一定程度上限制了使用者对该数据集背景与适用范围的判断。本站将其归类于呼吸系统疾病 / 哮喘方向,但该归类与数据本身之间的具体关联,源站未提供说明。

【引用与许可】

该数据集来源于 NCBI BioProject 数据库,项目编号为 PRJNA1405360。关于本项目的引用方式、数据使用许可及授权条款,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1405360

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本数据集展示了对照组小鼠和卵清蛋白诱导的过敏性哮喘小鼠粪便样本的16S rRNA基因测序数据,旨在比较两组之间的肠道微生物组成。

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