PRJNA551921：猴免疫缺陷病毒株SIVmac251原始序列读段
该数据集为猴免疫缺陷病毒株SIVmac251的原始序列读段，来源于NCBI。研究在P-VISCONTI项目中追踪六只SIV感染猕猴至安乐死前6个月，通过Illumina测序env基因探究病毒准种动态，并采集多个时间点的血液、直肠活检、精液及安乐死时淋巴结等解剖样本
基本信息
资源简介
PRJNA551921：猴免疫缺陷病毒株SIVmac251原始序列读段
该数据集为猴免疫缺陷病毒株SIVmac251的原始序列读段，来源于NCBI。研究在P-VISCONTI项目中追踪六只SIV感染猕猴至安乐死前6个月，通过Illumina测序env基因探究病毒准种动态，并采集多个时间点的血液、直肠活检、精液及安乐死时淋巴结等解剖样本。数据可用于分析未治疗情况下SIV在血液和组织中的传播与动态变化（来源 ncbi.nlm.nih.gov）。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：在寻求HIV感染功能性治愈的过程中，将非人灵长类模型与新的测序技术相结合，可以重新审视感染自然史中的病毒动态，产生大量结果，从而深入表征病毒在全身的传播。该数据集表征了在未治疗情况下SIV在血液和组织中的动态。在P-VISCONTI项目中，六只感染SIV的猕猴被随访6个月直至安乐死。通过Illumina测序env基因探索病毒准种动态。在感染后第3、7、10、14、21、28、35、42、56、91、122、142、169和183-190天采集血液样本。在感染后第29和77天进行直肠活检，在感染后第10、37和88天采集精液。安乐死时，从淋巴结（腋窝、腹股沟、髂、肠系膜和腘）采集解剖样本
【主题与分类】
主题标签：Raw sequence reads。本站分类：呼吸系统疾病。
【获取与许可】
源站页面：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA551921
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA551921
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
在寻求HIV感染功能性治愈的过程中，将非人灵长类模型与新的测序技术相结合，使得重新审视感染自然史中的病毒动力学成为可能，从而产生大量结果，以便深入刻画病毒在全身的传播特征。该数据集描述了在未治疗情况下SIV在血液和组织中的动力学。在P-VISCONTI项目中，六只感染SIV的猕猴在被安乐死前被随访了6个月。通过Illumina测序env基因，探索了病毒准种的动力学。在感染后第3、7、10、14、21、28、35、42、56、91、122、142、169和183-190天采集血液样本。在感染后第29天和第77天进行直肠活检，在感染后第10、37和88天采集精液。安乐死时，从淋巴结（腋窝、腹股沟、髂部、肠系膜和腘窝）、脾脏、GALT（十二指肠、空肠、回肠、升/横/降/乙状结肠和直肠）、骨髓、胸腺、肺、肝、肾、脂肪组织（腋窝、内脏、皮下）和皮肤采集解剖样本。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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