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创建/更新时间

2026-10-21

资源简介

PRJNA1517699：宿主金属蛋白酶ADAM17调控呼吸道合胞病毒感染中的上皮屏障完整性与合胞体形成

PRJNA1517699 数据集来自 NCBI，围绕宿主金属蛋白酶 ADAM17 在呼吸道合胞病毒（RSV）感染过程中所发挥的作用展开。研究以人 airway 上皮细胞为对象，通过 Poly(A) 富集 RNA 测序，比较野生型与经 CRISPR-Cas9 编辑获得的同源 ADAM17 缺陷型 A549 细胞在模拟处理基线条件以及临床 RSV A 亚组分离株（RSV-A-0594，ON1 基因型；MOI 1，感染后 24 小时）感染条件下的全局基因表达谱，并设置双份生物学重复。该数据集属于呼吸系统疾病 / 其他分类，主题标签为原始测序读段（Raw sequence reads），可用于识别急性 RSV 感染中依赖 ADAM17 活性的宿主调控通路与黏膜应答网络。

【数据集背景】

呼吸道合胞病毒是引起人类呼吸道感染的重要病原体，其与宿主气道上皮之间的相互作用是理解感染致病机制的关键环节。宿主金属蛋白酶 ADAM17 在多种生理与病理过程中参与膜蛋白的剪切与释放，但它在 RSV 感染期间对上皮屏障完整性和合胞体形成的调控作用，是该数据集所针对的核心科学问题。该研究以人 airway 上皮细胞为实验体系，试图从全转录组层面揭示 ADAM17 活性依赖的宿主调控通路与黏膜应答网络，为认识急性 RSV 感染的宿主因子机制提供数据基础。

【数据内容】

该数据集的内容为 Poly(A) 富集 RNA 测序产生的原始测序读段，属于基因表达谱类型的组学数据。测序对象包括野生型 A549 细胞与同源 CRISPR-Cas9 编辑的 ADAM17 缺陷型 A549 细胞，两类细胞均在模拟处理基线条件和 RSV 感染条件下进行采集，感染条件为临床 RSV A 亚组分离株 RSV-A-0594（ON1 基因型），MOI 为 1，感染后 24 小时取样。实验设置双份生物学重复，因此数据覆盖了基因型与感染状态两个维度的组合，可用于比较不同条件下的全局转录本表达差异。数据集的主题标签为原始测序读段，表明其提供的是测序原始产出而非经过加工的表达矩阵。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI 平台收录的研究数据。样本材料为人 airway 上皮细胞系 A549，包括野生型与经 CRISPR-Cas9 编辑获得的同源 ADAM17 缺陷型细胞。感染实验使用临床 RSV A 亚组分离株 RSV-A-0594，基因型为 ON1，感染复数 MOI 为 1，感染后 24 小时进行取样。对照组为模拟处理的基线条件。测序策略为 Poly(A) 富集 RNA 测序，每个条件设置双份生物学重复。数据以原始测序读段形式提交，主题标签为 Raw sequence reads。

【适用场景】

该数据集适用于研究 RSV 感染过程中宿主因子 ADAM17 对上皮细胞转录组的影响，可用于识别依赖 ADAM17 活性的宿主调控通路和黏膜应答网络。由于同时包含野生型与 ADAM17 缺陷型细胞在基线及感染条件下的样本，适合开展基因型与感染状态交互作用的差异表达分析、通路富集分析以及宿主应答网络的构建。此外，该数据也可用于关注上皮屏障完整性与合胞体形成相关基因表达变化的探索性研究，或作为 RSV 感染转录组研究的对照数据资源。其呼吸系统疾病分类也使其可服务于呼吸道病毒感染宿主互作领域的二次分析。

【使用方法】

使用该数据集时，可从 NCBI 获取原始测序读段，按照 RNA 测序标准流程进行质量控制、比对与定量，获得基因水平表达谱后开展差异表达与通路分析。分析设计上应充分利用野生型与 ADAM17 缺陷型细胞在模拟处理与 RSV 感染条件下的配对比较，并考虑双份生物学重复带来的统计效力限制。由于数据为 Poly(A) 富集测序，分析时应关注其覆盖的转录本类型范围。具体下载方式、文件组织与处理参数需参照 NCBI 源站提供的说明，源站未提供更详细的使用指南。

【质量与限制】

该数据集设置双份生物学重复，样本量相对有限，可能影响差异表达分析的统计稳健性。数据仅涉及 A549 细胞系在单一感染时间点（24 小时）和单一 MOI（1）下的转录组，未覆盖其他时间点或感染剂量，因此结论的外推需谨慎。数据以原始测序读段形式提供，使用者需自行完成质量控制与生物信息学处理。关于测序深度、读长、平台版本等具体技术参数，源站未提供。该数据集不包含蛋白水平或功能验证数据，对 ADAM17 活性与上皮屏障、合胞体形成之间因果关系的推断应结合其他实验证据。

【引用与许可】

该数据集的引用信息与使用许可条款源站未提供，使用前应访问 ncbi.nlm.nih.gov 上对应的数据集页面，查阅其推荐的引用方式与数据使用政策。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1517699

访问原始数据

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1517699

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究探讨宿主金属蛋白酶ADAM17在人气道上皮细胞呼吸道合胞病毒（RSV）感染过程中的作用。研究对野生型及同基因CRISPR-Cas9编辑的ADAM17缺陷型A549细胞进行了Poly(A)富集RNA测序，涵盖模拟处理的基线条件以及感染临床RSV A亚群分离株（RSV-A-0594，ON1基因型；MOI 1，感染后24小时）后的条件，并设双份生物学重复。该数据集提供了全局基因表达谱，用以识别急性RSV感染期间依赖于ADAM17活性的宿主调控通路和黏膜反应网络。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别