基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1501400：炭黑暴露人群气道微生物组失调

该数据集聚焦于职业性炭黑暴露背景下的人体气道微生物组失衡问题，来源于一项2012年启动的前瞻性队列。在2018年随访中，研究纳入79名乙炔炭黑制造厂工人作为暴露组，并招募64名地理位置相近的水处理厂工人作为对照组，采集痰液样本开展全长16S rRNA测序。基于该数据，可在种水平解析职业性炭黑暴露条件下的气道微生物组组成特征，为探索微生物组介导的肺功能损伤机制提供独特平台。此外，项目还整合了涉及细菌细胞与细菌胞外囊泡干预实验的小鼠肺部转录组图谱，从而构建起涵盖人群与动物实验的整合性研究资源。

【数据集背景】

该数据集所依托的研究人群来自一项2012年启动的前瞻性队列。在2018年随访阶段，研究者在乙炔炭黑制造设施中招募了79名工人作为暴露组，同时从地理位置邻近的水处理厂招募了64名工人作为对照组。这一设计旨在围绕职业性炭黑暴露这一特定场景，考察人体气道微生物组的变化。炭黑暴露在职业环境中具有现实意义，而气道微生物组作为呼吸道健康的重要影响因素，其在该暴露条件下的改变可能参与肺部功能异常的进程。该数据集正是为在种水平上解析这一关系而建立，并进一步结合小鼠干预实验的转录组数据，试图从微生物组角度阐明肺功能障碍的潜在机制。

【数据内容】

该数据集的核心内容为从参与者痰液样本中生成的全长16S rRNA序列数据，属于原始序列读长（Raw sequence reads）类型。全长16S rRNA测序能够在种水平上对气道微生物组进行解析，从而提供较常规短读长测序更精细的分类学分辨率。除人类队列数据外，该项目还纳入了来自干预实验的小鼠肺部转录组图谱，这些干预实验涉及细菌细胞和细菌胞外囊泡。由此，数据集同时包含人群气道微生物组序列数据与动物模型转录组数据，形成整合性资源，用于探讨微生物组与肺部功能之间的关联机制。

【采集与来源】

样本采集自上述前瞻性队列的参与者。暴露组为79名受雇于乙炔炭黑制造厂的工人，对照组为64名来自地理邻近水处理厂的工人。采集的样本类型为痰液，随后对痰液样本进行全长16S rRNA测序。数据来源站为ncbi.nlm.nih.gov。该数据集在分类上归属于呼吸系统疾病/其他类别。关于样本采集的具体时间窗口、伦理审批信息、测序平台型号及试剂版本等细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于在职业性炭黑暴露背景下研究人气道微生物组的组成与变化，尤其适合需要在种水平上获得分类学分辨率的研究。其人类队列部分可用于比较暴露组与对照组之间气道微生物组的差异，探索微生物组失衡与肺部功能障碍之间的潜在联系。结合项目中包含的小鼠肺部转录组数据，该数据集还可用于整合分析，以研究细菌细胞及细菌胞外囊泡干预对肺部转录组的影响，进而为阐明微生物组介导的肺部损伤机制提供数据支撑。此外，该数据集也可作为职业暴露微生物组研究的方法学参考或对照资源。

【使用方法】

该数据集以原始序列读长形式提供，使用者可根据研究目的对全长16S rRNA序列数据进行微生物组分类学分析，例如在种水平上进行物种注释、多样性评估和群落组成比较。对于小鼠肺部转录组数据，可按照转录组分析的一般流程进行差异表达和功能富集等分析。若需将人类微生物组数据与小鼠转录组数据进行整合，需注意两者来自不同物种和实验体系，应谨慎设计跨物种比较策略。关于具体的分析流程、推荐软件、参数设置以及数据下载后的处理步骤，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集的人类部分基于2018年随访时纳入的79名暴露组工人和64名对照组工人，样本量有限，且暴露组与对照组来自特定职业场所，可能影响结果的外推性。全长16S rRNA测序可提供种水平分辨率，但其分类准确性仍受参考数据库和序列质量等因素影响。此外，痰液样本的微生物组组成可能受到采样方式、个体差异及环境因素干扰。关于数据质量评估指标、测序深度、缺失值情况、批次效应控制以及潜在的混杂因素调整等信息，源站未提供。小鼠转录组数据与人类队列数据之间的整合分析也存在物种差异带来的解释限制。

【引用与许可】

该数据集来源于ncbi.nlm.nih.gov，其英文名称为PRJNA1501400: Airway microbiome dysbiosis in human under carbon black exposure。关于具体的引用格式、作者列表、发表文献、数据使用许可条款以及二次分发限制等信息，源站未提供。使用者在利用该数据集时，应自行查阅来源站点的相关说明以确认引用与许可要求。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1501400

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1501400

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

研究人群来源于2012年启动的一项前瞻性队列。在2018年随访时，79名受雇于乙炔炭黑制造设施的工人被纳入暴露组，同时从地理位置相近的污水处理厂招募了64名工人作为对照组。对从这些参与者采集的痰样本中生成的全长16S rRNA序列数据进行了分析。该数据集能够在职业性炭黑暴露背景下实现气道微生物组的物种级分辨率，并为阐明微生物组介导的肺功能障碍机制提供了独特平台。除人类队列数据外，该项目还整合了来自涉及细菌细胞和细菌胞外囊泡干预实验的小鼠肺转录组图谱，从而建立了一个用于研究宿主-微生物相互作用的整合框架。总体而言，这些资源有助于识别基于微生物组的生物标志物，并促进针对颗粒物诱导肺损伤的靶向治疗策略的开发。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别