PRJNA1483824:虫草素(蛹虫草培养基活性成分)临床研究

该数据集为猫上呼吸道感染经虫草素治疗后的鼻拭子原始宏基因组测序数据,来源于 NCBI 的 PRJNA1483824 项目

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基因组Raw sequence reads
PRJNA1483824: Clinical Research on Cordycepin, the Active Ingredient in Culture Medium of Cordyceps militaris

基本信息

模态
基因组
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA1483824:虫草素(蛹虫草培养基活性成分)临床研究

该数据集英文名为 PRJNA1483824: Clinical Research on Cordycepin, the Active Ingredient in Culture Medium of Cordyceps militaris,来源于 NCBI(ncbi.nlm.nih.gov),在本站归类于呼吸系统疾病 / 其他。其源站描述为猫上呼吸道感染经虫草素治疗后的鼻拭子原始宏基因组测序数据集(Raw Metagenomic Sequencing Dataset of Nasal Swabs from Cats with Feline Upper Respiratory Tract Infection Treated with Cordycepin),主题标签为原始序列读段(Raw sequence reads)。数据集围绕猫上呼吸道感染这一临床问题,以虫草素(蛹虫草培养基中的活性成分)治疗为背景,提供鼻拭子样本的原始宏基因组测序数据,可供呼吸道微生物组与抗感染相关研究参考使用。

【数据集背景】

该数据集所属项目关注虫草素这一蛹虫草(Cordyceps militaris)培养基中的活性成分,并以猫上呼吸道感染为临床研究场景。源站描述表明,研究采集的是接受虫草素治疗的猫上呼吸道感染病例的鼻拭子样本,并对其进行宏基因组测序。数据集名称中的“Clinical Research on Cordycepin, the Active Ingredient in Culture Medium of Cordyceps militaris”体现了其研究主题定位,即围绕虫草素这一活性成分开展的临床研究;而源站描述则进一步明确了样本类型(鼻拭子)、物种(猫)、疾病(猫上呼吸道感染)与治疗背景(虫草素治疗)。在本站分类中,该数据集归入呼吸系统疾病 / 其他类别。

【数据内容】

该数据集的内容为原始宏基因组测序数据,主题标签为原始序列读段(Raw sequence reads)。这意味着数据以测序产生的原始读段形式提供,而非经过拼接、注释或物种丰度汇总后的加工结果。样本来源于猫上呼吸道感染病例的鼻拭子,测序对象为样本中的全部微生物核酸,因而属于宏基因组范畴。除上述内容外,源站未提供关于样本数量、测序平台、读段长度、数据量、文件格式等具体细节。

【采集与来源】

数据来源于 NCBI,项目编号为 PRJNA1483824。样本采集对象为患有上呼吸道感染的猫,采集部位为鼻腔(鼻拭子),采集时点与虫草素治疗相关。数据由 NCBI 站点发布,本站仅作分类与索引。关于采样时间、地点、动物数量、治疗方案细节、伦理审批信息等,源站未提供。

【适用场景】

基于其内容特征,该数据集可用于猫上呼吸道感染相关微生物组的探索性分析,例如鼻部微生物群落的组成与多样性研究、虫草素治疗背景下微生物组变化的比较分析,以及宏基因组数据的二次挖掘与方法学验证。由于数据为原始读段,也适合作为微生物组分析流程(如质控、去宿主、组装、分类注释)的输入材料。需要说明的是,上述用途为基于数据类型的通用适用方向,源站未提供针对该数据集的具体应用结论。

【使用方法】

使用者可从 NCBI 项目 PRJNA1483824 获取原始测序读段,并按宏基因组常规流程进行处理,包括读段质控、去除宿主序列、微生物分类注释或组装等。具体下载方式、文件组织与配套元数据,源站未提供进一步说明。

【质量与限制】

该数据集为原始序列读段,未提供加工后的分析结果,使用前需自行完成质控与生物信息学处理。源站未提供关于测序深度、数据质量评分、样本量、对照设置以及临床结局等信息,因此基于该数据得出的任何结论均需谨慎对待。此外,数据仅涉及猫鼻拭子样本,向其他物种或部位的外推应保持审慎。

【引用与许可】

该数据集来自 NCBI,项目编号为 PRJNA1483824。关于引用方式、许可条款与使用限制,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1483824

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Raw Metagenomic Sequencing Dataset of Nasal Swabs from Cats with Feline Upper Respiratory Tract Infection Treated with Cordycepin

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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