基本信息

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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1483315：内蒙古牛呼吸道疾病 shotgun 宏基因组测序

PRJNA1483315 是一个聚焦于牛呼吸道疾病（Bovine Respiratory Disease）的宏基因组测序项目，全称为“Shotgun Metagenomic Sequencing of Cattle Affected with Bovine Respiratory Disease in Inner Mongolia”，即对内蒙古地区受牛呼吸道疾病影响牛只进行的鸟枪法宏基因组测序。该项目归属于呼吸系统疾病 / 其他分类，数据主题标签为原始测序读长（Raw sequence reads），来源站为 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov）。作为一项 BioProject 记录，它为研究者提供了一个集中入口，用以查找该项目所产生的多种数据类型，并支持围绕牛呼吸道疾病相关微生物群落、潜在病原以及耐药或功能基因等方向开展宏基因组分类与比较分析。

【数据集背景】

牛呼吸道疾病是养牛业中常见且影响较大的疾病类型之一，涉及复杂的病原微生物群落与环境、宿主因素之间的相互作用。本项目以内蒙古地区受该病影响的牛只为研究对象，采用鸟枪法宏基因组测序策略，旨在从整体微生物群落层面获取遗传信息。该 BioProject 记录由单一组织或联合体发起，围绕同一研究目标汇集相关生物数据，为用户提供统一的数据发现入口。其分类归属于呼吸系统疾病 / 其他，主题标签为原始测序读长，说明项目核心产出为测序仪直接产生的读长数据，而非经过完整组装或注释的基因组。

【数据内容】

该数据集的核心内容为鸟枪法宏基因组测序产生的原始序列读长。与 16S 扩增子测序不同，鸟枪法宏基因组测序可对样本中所有微生物的遗传物质进行随机测序，因此数据中可能同时包含细菌、病毒、真菌等多种微生物的序列信息，以及部分宿主序列。基于这些原始读长，研究者可进一步开展微生物群落组成分析、潜在病原鉴定，以及耐药基因或功能基因的筛查与比较。数据主题标签明确为“Raw sequence reads”，表明该 BioProject 主要提供未经过度加工的原始测序数据，便于用户根据自身分析流程进行灵活处理。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），以 BioProject 形式组织，项目编号为 PRJNA1483315，源站标题为“ID 1483315 - BioProject - NCBI”。研究对象为内蒙古地区受牛呼吸道疾病影响的牛只，测序策略为鸟枪法宏基因组测序。BioProject 作为生物数据的集合，通常由单一组织或联合体发起，并围绕一个统一的研究计划汇集多种数据类型。关于具体的采样时间、采样地点细节、样本数量、牛只品种、年龄、性别以及具体测序平台和试剂等信息，源站未提供。

【适用场景】

根据侧写线索，该数据集可用于研究牛呼吸道疾病相关微生物群落组成、鉴定潜在病原，以及分析耐药或功能基因，服务于呼吸系统疾病方向的宏基因组分类与比较分析。具体而言，研究者可利用原始测序读长进行物种注释和丰度估计，比较患病牛只样本之间的微生物群落差异；也可通过功能注释和耐药基因数据库比对，探索与疾病相关的功能特征。此外，该数据还可用于方法学比较、参考数据库构建或与其他牛呼吸道疾病宏基因组数据集的整合分析。由于数据为原始读长，其适用场景高度依赖用户自身的生物信息学分析流程。

【使用方法】

用户可通过 NCBI 的 BioProject 页面访问该数据集，并依据项目编号 PRJNA1483315 查找关联的原始测序读长数据。通常，原始读长数据会以 SRA（Sequence Read Archive）等形式提供下载。获取数据后，用户可根据研究目的进行质量控制、宿主序列过滤、微生物物种分类、功能基因注释及耐药基因分析等步骤。由于该 BioProject 提供的是集中入口，用户可在同一页面找到指向不同数据类型的链接。关于具体的下载工具、数据格式、文件大小及分析软件建议，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集的主题标签为原始测序读长，意味着数据未经过组装或完整注释，用户需自行完成质量控制和生物信息学分析。鸟枪法宏基因组测序可能包含宿主序列和低质量读长，需要在分析前进行过滤。此外，该 BioProject 记录本身仅提供数据链接和项目描述，不包含分析结论或临床元数据。关于样本质量、测序深度、覆盖度、重复性以及潜在偏差等信息，源站未提供。用户在使用时应结合自身研究设计评估数据的适用性。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），项目编号为 PRJNA1483315。关于具体的引用方式、数据使用许可、访问限制以及是否需要获得授权等信息，源站未提供。用户在使用该数据集时，应遵循 NCBI 及相关数据提供方的通用使用规范，并建议查阅 BioProject 页面以获取最新的引用和许可说明。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1483315

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1483315

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们对内蒙古地区受BRD影响的牛的肺部样本进行了鸟枪法宏基因组测序，以探究呼吸道微生物失调、关键病原体、毒力特征及抗菌药物耐药性谱。患病牛肺部微生物群存在显著的个体间差异，以变形菌门、软壁菌门、支原体属、脲原体属和卟啉单胞菌属为主。共划分出两个微生物聚类，并证实卟啉单胞菌属为BRD相关的关键病原体。两个高质量的卟啉单胞菌属MAG揭示了菌株水平的基因组差异，其物种特异性毒力簇集中于代谢和免疫调节。MAG_7携带完整毒力基因及完整的T4SS簇，代表一种宿主适应性致病谱系。两个聚类表现出不同的ARG模式：第1组以保守的多重耐药和β-内酰胺耐药为特征，而第2组则具有异质性的MLS和甲氧苄啶耐药性。在卟啉单胞菌属中检出adeC和质粒介导的mcr-2，提示耐药决定簇存在水平基因转移的高风险。

该测序数据集为进一步研究牛呼吸道疾病的病因学及防控策略提供了支持。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别