人畜共患冠状病毒宿主-病原互作与疫苗研究
该数据集来自 NCBI，包含家猫与家犬离体肺外植体培养感染 SARS-CoV-2 Delta 和 Omicron 变异株后的 RNA-seq 数据，采样时间为感染后 6、12、24 小时，并设未感染对照，每组三个生物学重复
基本信息
资源简介
人畜共患冠状病毒宿主-病原互作与疫苗研究
PRJNA1328388 是一项聚焦人畜共患冠状病毒宿主—病原相互作用及疫苗研发的研究项目所对应的数据集，来源于 NCBI。该数据集收录了家猫（Felis catus）与家犬（Canis lupus familiaris）离体肺外植体培养在感染 SARS-CoV-2 Delta 和 Omicron 变异株后的 RNA-seq 数据。样本采集时间点为感染后 6、12 和 24 小时，并设置未感染对照，每个条件均包含三个生物学重复。数据以原始序列读段（Raw sequence reads）形式提供，可用于转录组层面的分析，帮助理解 SARS-CoV-2 Delta 与 Omicron 变异株在伴侣动物宿主中的致病过程与疾病进展。本站将其归类于呼吸系统疾病 / 其他类别。
【数据集背景】
该数据集所属项目关注伴侣动物在人畜共患冠状病毒背景下的宿主—病原相互作用，并涉及针对此类冠状病毒的疫苗研发研究。SARS-CoV-2 的 Delta 与 Omicron 变异株在人群中的流行引发了对其跨物种感染能力与致病机制的关注，而家猫和家犬作为与人类密切接触的伴侣动物，其呼吸道组织对病毒的响应具有研究价值。该项目通过离体肺外植体培养体系，在受控条件下观察病毒感染早期的宿主转录组变化，为理解病毒在伴侣动物宿主中的致病机制和疾病进展提供数据基础。
【数据内容】
数据集的核心内容为 RNA-seq 原始序列读段。实验涉及两种宿主物种——家猫和家犬，两种病毒变异株——SARS-CoV-2 Delta 和 Omicron，三个感染后时间点——6、12 和 24 小时，并包含未感染对照。每个条件设置三个生物学重复。这些数据从转录组层面反映感染后不同时间点宿主基因表达的变化，可用于比较不同变异株、不同物种以及不同感染阶段的宿主响应差异。
【采集与来源】
数据来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov）。样本为家猫与家犬的离体肺外植体培养物，分别感染 SARS-CoV-2 Delta 和 Omicron 变异株，并在感染后 6、12、24 小时采集，同时收集未感染对照样本，各条件均设三个生物学重复。数据以原始序列读段形式发布，主题标签为 Raw sequence reads。
【适用场景】
该数据集适用于研究 SARS-CoV-2 Delta 与 Omicron 变异株在伴侣动物呼吸道组织中的宿主—病原相互作用，可用于转录组差异表达分析、感染时间序列分析、跨物种（猫与犬）响应比较以及不同变异株致病性差异的探索。此外，该项目背景涉及人畜共患冠状病毒疫苗研发，数据也可为相关宿主响应机制研究提供参考。本站分类将其归入呼吸系统疾病 / 其他。
【使用方法】
使用者可基于原始序列读段开展标准的 RNA-seq 分析流程，包括序列质控、比对到相应宿主参考基因组、表达定量与差异表达分析。由于实验设计包含感染后 6、12、24 小时三个时间点及未感染对照，并设三个生物学重复，可进行时间序列比较和感染组与对照组的对比分析；同时可比较 Delta 与 Omicron 两种变异株以及猫与犬两种宿主之间的转录组响应差异。具体分析流程与参数需根据研究目的自行确定。
【质量与限制】
每个条件设置三个生物学重复，样本采集时间点为感染后 6、12 和 24 小时，并设未感染对照，具备基本的对照与重复设计。数据为原始序列读段，未提供预处理后的表达矩阵或分析结果。关于测序平台、读长、测序深度、数据量等具体技术参数，源站未提供。该数据集基于离体肺外植体培养体系，并非活体感染模型，使用者在推断体内情形时需注意这一体系差异。
【引用与许可】
源站未提供引用方式与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1328388
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本项目研究伴侣动物中人畜共患冠状病毒背景下的宿主-病原体相互作用。研究包括从家猫（Felis catus）和家犬（Canis lupus familiaris）离体肺外植体培养物中生成的RNA-seq数据，这些培养物感染了SARS-CoV-2 Delta和Omicron变异株。样本在感染后6、12和24小时采集，并设有未感染对照，每个样本均设生物学三重复。该数据集为SARS-CoV-2 Delta和Omicron变异株的致病机制提供了转录组学见解，并有助于理解伴侣动物宿主中的疾病进展。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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