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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1029745：印度尼西亚廖内省类鼻疽伯克霍尔德菌流行病学与遗传多样性

PRJNA1029745 是 NCBI BioProject 数据库中的一个项目编号，其主题为印度尼西亚廖内省类鼻疽伯克霍尔德菌（Burkholderia pseudomallei）的流行病学与遗传多样性。该数据集在来源站 ncbi.nlm.nih.gov 上以 BioProject 形式组织，主题标签为 Raw sequence reads，本站将其归类于呼吸系统疾病 / 其他。BioProject 是围绕某一项单一研究计划而汇集的一组生物学数据，这些数据来自一个机构或一个联合体；每条 BioProject 记录为用户提供一个统一入口，以便找到该项目所产生的多种数据类型。整体而言，该数据集面向类鼻疽伯克霍尔德菌的流行病学与遗传多样性研究，提供原始序列读长数据，适用于微生物基因组学、分子流行病学及呼吸系统疾病相关研究场景。

【数据集背景】

类鼻疽伯克霍尔德菌是一种与呼吸系统疾病相关的病原体。该数据集所对应的 BioProject 项目聚焦于印度尼西亚廖内省该类病原体的流行病学与遗传多样性。根据源站描述，BioProject 是围绕单一研究计划汇集生物学数据的记录形式，其来源可以是单一机构，也可以是一个联合体；每条 BioProject 记录为用户提供统一入口，用于查找该项目产生的多种数据类型。该数据集在来源站 ncbi.nlm.nih.gov 上以 BioProject 编号 PRJNA1029745 标识，本站将其归类于呼吸系统疾病 / 其他。除上述信息外，源站未提供该项目的具体研究机构、联合体组成、项目启动时间或资助来源等背景信息。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Raw sequence reads，即原始序列读长。这意味着该 BioProject 记录所关联的数据类型为测序产生的原始读长数据。数据集英文名称为“PRJNA1029745: Epidemiology and genetic diversity of Burkholderia pseudomallei from Riau Province, Indonesia”，表明其内容围绕印度尼西亚廖内省类鼻疽伯克霍尔德菌的流行病学与遗传多样性。源站描述指出，BioProject 记录提供用户一个单一位置，以找到为该计划生成的不同数据类型。除“Raw sequence reads”这一主题标签外，源站未提供具体的样本数量、测序平台、读长长度、数据量大小、基因组组装信息或变异位点等细节。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov 上的 BioProject 记录，编号为 PRJNA1029745。其英文名称指明研究涉及印度尼西亚廖内省。源站描述说明，BioProject 可以来自单一组织或联合体，是围绕单一研究计划收集的生物学数据。关于样本采集的具体地点、时间跨度、采集方法、样本类型、伦理审批信息以及项目承担单位等，源站未提供。

【适用场景】

基于该数据集的主题标签“Raw sequence reads”及其研究主题，其潜在适用场景包括：类鼻疽伯克霍尔德菌的基因组学分析、分子流行病学研究、遗传多样性评估，以及与呼吸系统疾病相关的病原体监测与研究。由于本站将其归类于呼吸系统疾病 / 其他，该数据集也可供呼吸系统疾病领域的研究者参考。此外，BioProject 记录作为统一入口，可帮助用户定位该项目产生的多种数据类型。除上述基于主题标签和分类的通用适用方向外，源站未提供该数据集的具体应用案例、分析目标或推荐用途。

【使用方法】

该数据集以 NCBI BioProject 记录的形式提供，用户可通过编号 PRJNA1029745 在来源站 ncbi.nlm.nih.gov 上访问。根据源站描述，BioProject 记录为用户提供一个单一位置，以找到为该计划生成的不同数据类型。因此，使用者可通过该记录入口获取与该项目相关的原始序列读长数据及其他关联数据。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析流程、软件工具或操作步骤，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集的主题标签为 Raw sequence reads，属于原始测序读长数据。源站描述仅说明 BioProject 是围绕单一研究计划收集的生物学数据，并提供统一查找入口，未提供关于数据质量评估、测序深度、覆盖度、错误率、污染控制、数据完整性或质控标准等信息。此外，源站未提供该数据集的样本量、测序平台、读长类型等具体技术参数，也未说明数据是否存在使用限制或偏差。因此，关于该数据集的质量指标与局限性，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，源站标题为“ID 1029745 - BioProject - NCBI”。关于该数据集的引用格式、许可协议、使用条款、数据共享政策或版权信息，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1029745

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使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1029745

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

类鼻疽是由类鼻疽伯克霍尔德菌引起的一种细菌感染。该病在包括东南亚和澳大利亚北部在内的热带和亚热带国家较为常见。印度尼西亚的许多类鼻疽病例仍未报告，全国范围内未确诊和未治疗的类鼻疽规模仍不明确。鉴于廖内省靠近感染率高的地区，预计苏门答腊岛的廖内省存在地方性类鼻疽。本研究报告了2009年1月1日至2021年12月31日期间从廖内省两家医院收集的68例培养确诊类鼻疽病例的回顾性数据。我们还描述了6株类鼻疽伯克霍尔德菌分离株的全基因组测序和基因型分析。年龄范围为3至71岁（中位数48岁），其中5/68（7.4%）为15岁以下儿童。55/68（80.9%）为男性，最常见的危险因素是糖尿病（42/55，约76.4%）。肺部感染是最常见的临床表现（23/57，约40.4%），死亡率为43.9%（29/66）。多位点序列分型分析鉴定出三种序列型（STs），即ST1794（n = 3）、ST46（n = 2）和ST289（n = 1）。

ST1794是一个新的序列型（ST），而ST46在东南亚广泛分布，ST289也已在泰国、马来西亚和新加坡被发现。对廖内省类鼻疽伯克霍尔德菌基因组数据与全球基因组数据集进行的系统地理学分析，清楚地将印度尼西亚的类鼻疽伯克霍尔德菌基因组与祖先澳大利亚分支区分开来，并明确将其归类于亚洲分支。本研究扩展了已知的类鼻疽伯克霍尔德菌在印度尼西亚的分布范围，并证实印度尼西亚的类鼻疽伯克霍尔德菌与东南亚其他地区的菌株在遗传上相关。随着实验室能力的提高以及检测和确认疑似类鼻疽病例的标准化方案更加广泛地应用，预计在印度尼西亚其他地区也会发现类鼻疽病。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别