慢性阻塞性肺疾病潜在差异甲基化/表达基因的识别
该数据集来自 doi.org，聚焦慢性阻塞性肺疾病（COPD）中差异甲基化/表达基因的识别，包含 3 个补充表格文件，涉及 DNA 甲基化与基因表达谱的功能分析、ROC 诊断价值评估及体外实验与在线数据集表达验证，共发现 81 个高甲基化-低表达基因和 121 个低甲基化-高表达基因
基本信息
资源简介
慢性阻塞性肺疾病潜在差异甲基化/表达基因的识别
Identification of Potential Differentially-Methylated/Expressed Genes in Chronic Obstructive Pulmonary Disease
该数据集来自 doi.org，聚焦慢性阻塞性肺疾病（COPD）中差异甲基化/表达基因的识别，包含 3 个补充表格文件，涉及 DNA 甲基化与基因表达谱的功能分析、ROC 诊断价值评估及体外实验与在线数据集表达验证，共发现 81 个高甲基化-低表达基因和 121 个低甲基化-高表达基因。数据可用于探索 COPD 潜在分子机制、筛选候选诊断标志物及开展甲基化与表达关联研究（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。
【数据集背景】
配套论文《Identification of Potential Differentially-Methylated/Expressed Genes in Chronic Obstructive Pulmonary Disease》发表于 COPD: Journal of Chronic Obstructive Pulmonary Disease（2023），DOI：10.1080/15412555.2022.2158324。源站首次发布：2024-01-05。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：慢性阻塞性肺疾病（COPD）是一种慢性炎症性肺部疾病，会导致肺部气流受阻。DNA 甲基化可以调控基因表达。理解 COPD 的潜在分子机制非常重要。本研究的目的是寻找 COPD 中的差异甲基化/表达基因。从数据集中下载了 COPD 的 DNA 甲基化和基因表达谱，随后对差异甲基化/表达基因进行功能分析。通过受试者工作特征（ROC）分析确定这些差异甲基化/表达基因的潜在诊断价值。通过体外实验和额外在线数据集对差异甲基化/表达基因进行表达验证。在 COPD 中总共发现了 81 个高甲基化-低表达基因和 121 个低甲基化-高表达基因。
【数据结构与技术规格】
文件数 3 个，合计 819.43 KB。数据集 DOI：10.6084/m9.figshare.24947962.v1。
【主题与分类】
源站学科分类：Biochemistry、Medicine、Microbiology、Cell Biology、Genetics、Molecular Biology。主题标签：Chronic obstructive pulmonary disease、diagnosis、DNA methylation、gene expression、signaling pathways。本站分类：呼吸系统疾病/其他。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Biochemistry、Medicine、Microbiology、Cell Biology、Genetics、Molecular Biology。
【获取与许可】
源站页面：https://tandf.figshare.com/articles/dataset/Identification_of_Potential_Differentially-Methylated_Expressed_Genes_in_Chronic_Obstructive_Pulmonary_Disease/24947962
使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
规范引用：Identification of Potential Differentially-Methylated/Expressed Genes in Chronic Obstructive Pulmonary Disease. Taylor & Francis. Pan, Wen; An, Shuyuan; Dai, Lina; Xu, Shuo; Liu, Dan; Wang, Lizhi; et al
【使用注意】
· 源站最后修改于 2024-02-16，引用时请注意版本时效。
下载信息
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数据集获取
源站：https://doi.org/10.6084/m9.figshare.24947962.v1
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- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 819.4 KB。
数据说明
慢性阻塞性肺疾病（COPD）是一种慢性炎症性肺部疾病，可导致肺部气流受阻。DNA甲基化能够调控基因表达。了解COPD的潜在分子机制具有重要意义。本研究旨在寻找COPD中差异甲基化/表达的基因。从数据集中下载了COPD的DNA甲基化和基因表达谱，随后对差异甲基化/表达基因进行功能分析。通过受试者工作特征（ROC）分析确定这些差异甲基化/表达基因的潜在诊断价值。通过体外实验和额外的在线数据集对差异甲基化/表达基因进行表达验证。在COPD中总共发现了81个高甲基化-低表达基因和121个低甲基化-高表达基因。其中，在蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络中鉴定出9个核心高甲基化-低表达基因（CD247、CCR7、CD5、IKZF1、SLAMF1、IL2RB、CD3E、CD7和IL7R）和8个核心低甲基化-高表达基因（TREM1、AQP9、CD300LF、CLEC12A、NOD2、IRAK3、NLRP3和LYZ）。
此外，这些基因对COPD具有潜在的诊断价值。在COPD中已识别出一些信号通路，包括T细胞受体信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用、造血细胞谱系、HTLV-I感染、内吞作用及Jak-STAT信号通路。总之，差异甲基化/表达基因及其涉及的信号通路很可能与COPD的进程相关。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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