流感及其他急性呼吸道病毒感染的前瞻性队列宿主转录反应数据集

数据集获取（Figshare）

• 源站标题：Host Transcriptional Response to Influenza and Other Acute Respiratory Viral Infections – A Prospective Cohort Study
• DOI：10.1371/journal.ppat.1004869
• 发布日期：2015-06-12
• 文件数：13 个
• 文件总体积：23.99 MB
• 源站页面：https://plos.figshare.com/articles/dataset/_Host_Transcriptional_Response_to_Influenza_and_Other_Acute_Respiratory_Viral_Infections_8211_A_Prospective_Cohort_Study_/1448081

命令行下载

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文件清单

• S1_Fig.tif（411.69 KB）
• S2_Fig.tif（1.52 MB）
• S3_Fig.tif（4.70 MB）
• S4_Fig.tif（6.82 MB）
• S5_Fig.tif（3.08 MB）
• S6_Fig.tif（3.02 MB）
• S7_Fig.tif（2.11 MB）
• S8_Fig.tif（521.21 KB）
• S1_Table.docx（43.22 KB）
• S2_Table.docx（40.85 KB）
• S3_Table.docx（18.51 KB）
• S4_Table.docx（44.44 KB）
• S5_Table.xlsx（1.66 MB）

文件总体积 23.99 MB（源站 API 实测）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

数据说明

为了更好地了解机体对自然获得的急性呼吸道病毒感染的系统性反应，我们在2009年和2010年前瞻性招募了1610名健康成年人。其中，142名受试者接受了随访，以对急性病毒性呼吸道疾病进行详细评估。我们在7个时间点检测了外周血基因表达：入组时、5次疾病访视以及研究每年度结束时。133名受试者完成了所有研究访视，并提供了技术上合格的外周血微阵列基因表达数据。73名（55%）受试者感染了流感病毒，其中64例为甲型流感，9例为乙型流感。其余受试者感染了鼻病毒（N = 32）、其他病毒（N = 4），或未鉴定出病毒病原体（N = 24）。结果在两个季节之间得到了重复验证，显示干扰素通路和先天免疫基因显著上调。这一现象持续了2-4天。数据还显示，在第4天和第6天出现恢复期，伴有与细胞增殖和修复相关的差异表达转录本。到第21天时，基因表达模式与基线（入组时）无法区分。

与其它病毒感染相比，流感病毒感染所诱导的疾病共有表达特征在强度和持续时间上均更高。利用谱系和活化状态特异性转录本生成细胞组成评分，在疾病急性期检测到B淋巴细胞和T淋巴细胞抑制并伴随NK细胞大量活化的模式。数据还展示了多个动态基因模块，这些模块在感染后发生重组并增强。最后，我们检测了感染前后的抗流感抗体滴度，定义了新的基因表达相关性。

许可

CC BY 4.0

引用

学术使用请引用 DOI 10.1371/journal.ppat.1004869（source: https://plos.figshare.com/articles/dataset/_Host_Transcriptional_Response_to_Influenza_and_Other_Acute_Respiratory_Viral_Infections_8211_A_Prospective_Cohort_Study_/1448081）。