囊性纤维化肺源铜绿假单胞菌种群对R型pyocin的异质性敏感

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.573n5tb67

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数据说明

细菌素是由细菌产生的蛋白质类抗菌物质，对其他同种菌株具有活性。R型绿脓菌素是由铜绿假单胞菌产生的噬菌体尾样细菌素。由于其抗假单胞菌活性，R-绿脓菌素具有作为感染治疗药物的潜力。铜绿假单胞菌是一种革兰氏阴性机会致病菌，对囊性纤维化（CF）患者尤其构成难题。CF肺部感染中的铜绿假单胞菌对抗生素的耐药性不断增强，因此亟需新的治疗方法。感染过程中，铜绿假单胞菌群体在表型和基因型上趋于多样化，然而，关于R-绿脓菌素对异质性群体的疗效知之甚少。R-绿脓菌素按亚型（R1-R5）分类，通过结合脂多糖（LPS）上不同残基加以区分。每种类型的杀菌谱各异，且每个菌株仅产生一种R型。为评估不同R型的流行情况，我们对来自国际假单胞菌联盟数据库（IPCD）及本实验室CF菌株生物库的铜绿假单胞菌菌株进行了筛选。

我们发现：(i) 在呼吸道来源的菌株中，R1型是最常见的R型；(ii) 存在大量缺乏R-绿脓菌素基因的菌株；(iii) 从同一患者采集的分离株具有相同的R型。随后，我们评估了菌株内多样性对R-绿脓菌素敏感性的影响，发现群体内对R-绿脓菌素的反应存在异质性，这可能是由于LPS核心的差异所致。我们的研究揭示了微生物异质性群体对R-绿脓菌素表现出可变的敏感性，并强调了对其他类型的LPS结合抗菌剂（包括噬菌体）的反应很可能也存在异质性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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