GSE344714：妥布霉素通过whiB7诱导增强脓肿分枝杆菌适应性

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE344714

标准获取流程：

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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

非结核分枝杆菌（NTM）是机会性病原体，可在支气管扩张及其他慢性气道疾病患者中引起肺部疾病（PD）。NTM-PD难以治疗和根除，这凸显了加深对细菌建立慢性感染机制认识的必要性。遗传性疾病囊性纤维化（CF）患者会发展为支气管扩张，是NTM-PD风险最高的人群，主要由鸟分枝杆菌或脓肿分枝杆菌（Mabsc）引起。大多数CF患者（pwCF）和支气管扩张患者会发展为慢性铜绿假单胞菌气道感染。我们假设，用于治疗铜绿假单胞菌感染的抗生素可能增强Mabsc在CF气道中的持续存在。在此我们证明，临床相关浓度的妥布霉素——该药物不杀灭Mabsc，但常被用于治疗伴有慢性铜绿假单胞菌感染的pwCF——可诱导Mabsc表达whiB7，这是一种转录因子，可激活与抵抗宿主防御相关的基因。妥布霉素促进了Mabsc在过氧化氢（H2O2）存在下的存活、在人巨噬细胞中的生长以及在小鼠体内的存活。

敲除whiB7降低了Mabsc在H2O2存在下的存活能力，削弱了Mabsc在巨噬细胞内的持续存在能力，并破坏了妥布霉素增强Mabsc存活的能力。界定妥布霉素相关WhiB7调节子的转录组数据显示，一些因子的基因表达存在差异，这些因子可能增强Mabsc对CF肺内等应激条件的抵抗力。总体而言，我们的数据表明，对pwCF施用妥布霉素可能产生意外的脱靶效应，增强Mabsc whiB7表达并促进Mabsc持续性感染。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。