mab_1638对脓肿分枝杆菌转录组的影响 [ChIP-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE287715

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

脓肿分枝杆菌是一种重要的人类病原体，主要感染患有囊性纤维化等既存病理性肺部疾病的人群。目前对脓肿分枝杆菌如何调控其毒力因子和致病表型的了解甚少。糖肽脂（GPL）的产生是该菌毒力的主要决定因素，缺乏GPL合成与外排能力的临床分离株通常表现出更具侵袭性的临床行为。当前的主流观点认为，GPL产生在体内通过作为宿主内进化一部分发生的不可逆自发突变而被消除。对于GPL产生可能受到调控的机制或程度知之甚少。我们发现脓肿分枝杆菌中一个不寻常的TetR样转录因子mab_1638，该因子是通过筛选一个全面的转座子突变体文库鉴定得到的，似乎通过直接和间接机制的组合，作为整个GPL生物合成与外排基因簇的强正调控因子发挥作用。

转座子对mab_1638的失活导致了稳定且视觉上明显的粗糙型菌落形态，以及在感染模型中毒力增强，这是粗糙型、非GPL产生菌的特征。转录组分析发现，mab_1638:tn突变体有118个差异表达基因，包括GPL基因座。看来mab_1638编码一种不寻常的TetR转录因子，这是脓肿分枝杆菌中GPL产生所必需的，因此对毒力性状有深远影响。这一发现提出了一个重要可能性：在实验室生长条件下呈现光滑型的脓肿分枝杆菌菌株，在其他条件下可能下调GPL簇基因，从而获得粗糙型菌株的表型特征。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。