GSE284173：急性移植物抗宿主病中器官特异性微环境驱动T细胞差异性演化

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE284173

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数据说明

组织特异性T细胞免疫应答在维持器官健康中发挥关键作用，但在自身免疫和同种免疫过程中也可驱动免疫病理。控制组织内T细胞编程的机制尚不清楚。在此，我们利用异基因造血干细胞移植（HCT）后急性移植物抗宿主病（aGVHD）的非人灵长类模型，采用包括多参数流式细胞术、群体水平转录谱分析以及多重单细胞RNA测序和TCR测序在内的综合系统免疫学方法，探究组织特异性同种免疫疾病的生物学基础。转录谱分析揭示了aGVHD期间浸润肺和肝脏的T细胞之间存在显著生物学差异。这些差异包括肺部富集控制细胞外基质重塑和趋化作用的转录通路，而肝脏富集与核酸代谢和增殖相关的转录通路。

单细胞RNA测序和TCR测序证实了组织浸润性T细胞存在器官特异性的转录编程分化，且这种分化与克隆扩增相关——在肺中，扩增的克隆逐渐富集CX3CR1表达的CD8效应T细胞，而在肝中则富集EOMES表达的CD8效应记忆T细胞。即使对于共享相同TCR的T细胞，这种分化演化仍然得以维持，表明其独立于抗原特异性。总之，这些结果为组织微环境来源信号在同种免疫介导的克隆扩增过程中对局部T细胞转录编程所发挥的主要作用提供了新见解，并提示了开发组织特异性治疗手段以抑制移植后致病性免疫的潜在机会。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。