GSK-J4处理白内障术后离体模型的转录组变化

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE213480

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

细胞重编程为负责细胞外基质病理性积聚的肌成纤维细胞，是纤维化发生的基础。在此，我们探索了以H3K27me3标记的浓缩染色质结构如何被修饰，从而允许被抑制基因的激活，驱动肌成纤维细胞的出现。在肌成纤维细胞前体细胞分化的早期阶段，我们发现H3K27me3去甲基化酶UTX在新生成DNA上延迟了H3K27me3的积累，揭示了一段染色质结构去浓缩的时期。这段新生成染色质结构去浓缩的时期允许促纤维化转录因子MRTF-A与新生成DNA结合。抑制UTX酶活性可使染色质结构浓缩，阻止MRTF-A结合，阻断促纤维化转录组的激活，并在晶状体和肺纤维化模型中抑制纤维化。我们的工作揭示UTX是纤维化的核心协调者，凸显了靶向其去甲基化酶活性以预防器官纤维化的潜力。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。