CIAV感染MDCC-MSB1细胞的综合转录组分析[RNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE270913

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

鸡传染性贫血（CIA）是由鸡传染性贫血病毒（CIAV）引起的一种免疫抑制性疾病。由于免疫抑制，该病常导致混合感染和继发感染，加剧病毒性、细菌性和真菌性感染，危害极大。因此，鉴定参与调控CIAV感染的免疫基因势在必行。本研究采用全面的转录组测序技术，测定CIAV感染的MDCC-MSB1细胞中受调控免疫基因的表达水平，包括mRNA、microRNA、lncRNA和circRNA。在CIAV感染的MDCC-MSB1细胞中共鉴定出2590个差异表达基因，其中526个上调。差异表达mRNA有539个，包括166个上调mRNA；差异表达microRNA有38个，包括22个上调microRNA；差异表达lncRNA有1957个，包括295个上调lncRNA；差异表达circRNA有56个，包括43个上调circRNA。

随后，我们从526个上调差异表达基因中选取了前20个显著上调的差异表达基因（GEM、ODF1、ARHGEF12、DOC2B、ZP2、gga-miR-1306-5p_L-1R-2、gga-miR-6615-3p、gga-mir-3535-p5、gga-miR-726-5p_1ss4AG、gga-miR-458a-3p、ENSGALG00010010181、ENSGALG00010002366、ENSGALG00010019353、ENSGALG00010029120、ENSGALG00010026718、circMAP3K5、ENSGALG00010015867、circGALNT1、circMCTP2、circPTEN）进行基因本体（GO）注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析，结果发现这20个基因显著富集于细胞凋亡、转录调控、MAPK信号通路、p53信号通路和磷脂酰肌醇信号系统等关键通路中。采用qRT-PCR在转录水平上进一步验证RNA测序的准确性。综上所述，本研究为未来的防控策略提供了理论基础。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。