鸡胚白蛋白去除致产前蛋白质营养不良相关基因差异表达数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE57938

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

此前，已在通过去除蛋清建立产前蛋白质营养不良的鸡模型中，证实了其对体重和繁殖性能的长期影响。这种表型持续性改变的出现提示基因表达发生了稳定变化。研究采用RNA-Seq对55周龄成年伊莎褐壳蛋鸡的肝脏转录组差异进行了全基因组筛选。在胚胎发育早期（胚胎第1天），通过从受精蛋中移除3毫升蛋清并以生理盐水替代，构建了蛋清剥夺母鸡模型。结果与模拟处理的假处理母鸡及未处理对照母鸡进行了比较。RNA-Seq与qPCR获得的相对表达水平之间相关性极高（Pearson相关系数=0.85），证实了RNA-Seq结果的有效性。此外，在扩大样本量后，15个所选基因中有7个在qPCR中显示出与RNA-Seq数据集相同的显著基因表达差异，因而得到了生物学验证。

根据生物学功能对差异表达（DE）基因进行分组，揭示了诸如“胚胎与生物体发育”、“器官形态”、“器官与组织发育”、“生殖系统发育与功能”等过程的参与。发生改变的分子通路包括“氨基酸代谢”、“分子转运”、“小分子生物化学”、“细胞死亡与存活”、“细胞间信号传导与相互作用”、“碳水化合物代谢”以及“蛋白质合成”。总之，目前的结果首次证明，通过去除蛋清造成的产前蛋白质营养不良会导致鸡肝脏转录组的长期改变。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。