感染腺病毒14或14p1的叙利亚仓鼠肺部差异基因表达

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE212833

标准获取流程：

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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

腺病毒是婴幼儿轻度、通常自限性感染的常见病因。严重感染发生于免疫功能低下患者，但在健康、免疫功能正常的成人中罕见。然而，世界各地曾暴发不同腺病毒（Ad）血清型感染，导致部分感染者发生急性肺损伤（ALI）和急性呼吸窘迫综合征（ARDS）。Ad14p1是全球范围内Ad14的主要流行株，便是此类血清型之一。Ad14p1感染在免疫功能正常患者中引起严重疾病的原因尚不清楚。此前，我们已经证明，感染Ad14的A549细胞会抑制巨噬细胞促炎反应，而感染Ad14p1的细胞则不能抑制巨噬细胞，反而可能增强促炎反应。微小RNA（miRNA）是在转录后水平调控基因表达的小型非编码RNA。已有研究表明，腺病毒感染可调节宿主miRNA表达，我们据此假设，Ad14与Ad14p1感染细胞之间miRNA表达的差异可能影响致病机制。

将A549细胞分别感染Ad14或Ad14p1，并在感染后6、12、24、36和48小时收集总RNA样本进行miRNA测序。聚类分析显示，感染后miRNA表达谱存在3个时间性变化。差异表达分析表明，在感染后6至36小时，Ad14与Ad14p1之间有8-23个差异表达的miRNA。然而，在感染后48小时，与感染Ad14的细胞相比，感染Ad14p1的细胞中有98个差异表达的miRNA。通路富集分析显示，差异表达的miRNA可能解释了Ad14p1因毒株相关的细胞因子表达调控缺失而导致的致病性增加。与感染Ad14相比，感染Ad14p1导致叙利亚仓鼠肺部促炎基因表达增加。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。