肺功能水平及其变化的表观基因组关联研究

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A2247c6084182cc760d732e62c91a054d2129d2140b1aa4df1394304e4895c74f

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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数据说明

既往报道将差异性DNA甲基化（DNAme）与环境暴露联系起来，而环境暴露与肺功能相关。然而，关于肺功能DNAme的直接证据仍然有限。我们对成人支气管舒张前肺功能及其变化开展了一项无假设的全表观基因组关联研究（EWAS）。在发现-复制EWAS设计中，我们在三个基于成人人群的发现队列（n=2,043）的同一批参与者中，间隔6至15年两次测量血液DNAme和肺功能。相关的DNAme标记（P<5x10-7）在七个复制队列中进行了验证（成人：n=3,327；儿童：n=420）。在协变量调整的发现EWAS中，将标准化绝对β值对对照探针衍生的主成分回归的技术偏倚校正残差，对FEV1、FEV1/FVC和FVC的水平及变化进行回归。对所有参与者和从不吸烟者的发现与复制样本结果，采用逆方差加权荟萃分析。EWAS信号在吸烟相关DNAme中富集。我们在成人样本中复制了57个肺功能DNAme，但儿童样本中未复制，所有这些此前均与吸烟相关。

先前未与吸烟相关的标志物未能通过重复验证。cg05575921（AHRR）与横断面肺功能显示出统计学上最显著的关联（FEV1/FVC：P发现=3.96x10-21，P合并=7.22x10-50）。一个结合了先前报道可介导吸烟对肺功能影响的十个DNA甲基化标志物的评分与肺功能相关（FEV1/FVC：P=2.65x10-20）。我们的结果表明，成人中与肺功能相关的甲基化信号主要与吸烟相关，并可能在识别肺功能不良和加速下降方面具有临床实用性。需要更多重复时间点的大型研究来识别从不吸烟者和儿童中的肺功能DNA甲基化。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。