成人症状性呼吸道病毒感染基因表达特征

该数据集来自 EBI Expression Atlas 的差异表达实验,物种为 Homo sapiens,主题为成人症状性呼吸道病毒感染相关的基因表达特征

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基因组分类Differential
E-GEOD-17156: Gene expression signatures of symptomatic respiratory viral infection in adults

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-11-03

资源简介

成人症状性呼吸道病毒感染基因表达特征

E-GEOD-17156 是一个聚焦成人症状性呼吸道病毒感染的基因表达数据集,英文全称为 Gene expression signatures of symptomatic respiratory viral infection in adults。该数据集归属于呼吸系统疾病 / 其他分类,来源于 ebi.ac.uk,属于 EBI Expression Atlas 中的差异表达实验,物种为 Homo sapiens,主题标签为 Differential。其核心内容围绕成人出现症状的呼吸道病毒感染所对应的基因表达特征展开,可用于观察感染状态下转录层面的差异变化。整体而言,该数据集以人类成人呼吸道病毒感染为研究对象,通过差异表达分析呈现与症状性感染相关的表达模式,为呼吸系统疾病领域的转录组研究提供了一份可参考的公开资源。

【数据集背景】

呼吸道病毒感染在成人群体中具有较高的发生频率,感染后机体会在基因表达层面产生一系列变化。该数据集正是以成人症状性呼吸道病毒感染为切入点,借助基因表达谱刻画感染相关的表达特征。从来源看,它属于 EBI Expression Atlas 的实验数据,实验类型标注为差异表达(Differential),说明其设计目的侧重于比较不同条件下基因表达的差异,而非单纯的表达谱展示。这一背景使其适合用于探索病毒感染与宿主基因表达之间的关联。

【数据内容】

数据集的主题为成人症状性呼吸道病毒感染相关的基因表达特征,物种为 Homo sapiens。作为差异表达实验,其内容以基因表达 signature 为核心,即通过比较分析得到的差异表达结果。数据集被归入呼吸系统疾病 / 其他类别,主题标签为 Differential。除上述信息外,关于具体样本数量、检测平台、基因数量、差异倍数阈值等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ebi.ac.uk,属于 EBI Expression Atlas 中的一项实验记录,源站对其的描述为 Expression Atlas experiment (Differential),物种为 Homo sapiens,主题为成人症状性呼吸道病毒感染相关的基因表达特征。关于样本采集地点、采集时间、受试者招募方式及具体实验流程等信息,源站未提供。

【适用场景】

基于其差异表达实验的定位,该数据集可用于呼吸系统疾病领域中病毒感染相关基因表达特征的参考与比较,也可作为转录组差异分析结果的一个公开数据来源,供研究人员了解成人症状性呼吸道病毒感染在基因表达层面的特征概况。关于其在药物靶点发现、诊断标志物筛选或临床决策等具体应用方向上的适用性,源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 ebi.ac.uk 获取,属于 EBI Expression Atlas 的实验记录。关于具体的数据下载格式、分析流程、参数设置及配套工具等使用层面的说明,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 EBI Expression Atlas 收录的差异表达实验,物种明确为 Homo sapiens,主题聚焦成人症状性呼吸道病毒感染。关于样本规模、数据完整性、批次效应、统计显著性标准及验证情况等质量相关信息,源站未提供。使用时应注意其分类归属为呼吸系统疾病 / 其他,具体研究范围需结合源站记录进一步确认。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式与许可条款,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-GEOD-17156

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Expression Atlas experiment (Differential). Species: Homo sapiens. Gene expression signatures of symptomatic respiratory viral infection in adults

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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