COPD特异性肺泡巨噬细胞与外周血单核细胞基因表达特征重叠并与肺功能相关

该数据集来自 EBI Expression Atlas 的差异表达实验,物种为 Homo sapiens,聚焦慢性阻塞性肺疾病(COPD)特异性基因表达特征

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基因组分类Differential
E-GEOD-16972: COPD-Specific Gene Expression Signatures of Alveolar Macrophages as well as Peripheral Blood Monocytes Overlap and Correlate with Lung Function

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-11-03

资源简介

COPD特异性肺泡巨噬细胞与外周血单核细胞基因表达特征重叠并与肺功能相关

E-GEOD-16972 是一项来自 EBI Expression Atlas 的差异表达实验数据集,物种为 Homo sapiens,主题标签为 Differential。该数据集围绕慢性阻塞性肺疾病(COPD)展开,研究标题指出其关注肺泡巨噬细胞以及外周血单核细胞中 COPD 特异性基因表达特征,并描述这些特征之间存在重叠且与肺功能相关。数据集在站内归入呼吸系统疾病 / 其他分类,来源站为 ebi.ac.uk。整体而言,该数据集提供了从基因表达层面观察 COPD 相关细胞类型差异表达情况的实验资源,适合作为呼吸系统疾病转录组研究的参考数据。

【数据集背景】

慢性阻塞性肺疾病是一种常见的呼吸系统疾病,其分子层面的改变涉及多种细胞类型。该数据集以 COPD 为研究主题,聚焦肺泡巨噬细胞和外周血单核细胞两类细胞,旨在刻画 COPD 特异性的基因表达特征。源站将其描述为 Expression Atlas 中的差异表达实验,说明其设计核心在于比较不同条件下的基因表达差异,而非单纯的表达谱展示。研究标题同时强调这些表达特征在两类细胞之间存在重叠,并与肺功能相关,提示该数据集可用于探索细胞间共享的分子变化及其与临床指标的联系。

【数据内容】

该数据集属于差异表达实验,物种为 Homo sapiens,主题标签为 Differential。其内容围绕 COPD 特异性基因表达特征展开,涉及肺泡巨噬细胞和外周血单核细胞。源站描述与研究标题一致,均指向差异表达分析及两类细胞表达特征的重叠关系。关于具体的样本数量、基因数量、差异表达基因列表、统计阈值或表达矩阵细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ebi.ac.uk,即 EBI Expression Atlas 中的一项实验记录。源站描述明确其为 Expression Atlas experiment (Differential),物种为 Homo sapiens。关于样本采集的具体流程、受试者招募标准、伦理审批信息、实验平台型号或数据处理管线,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于呼吸系统疾病特别是 COPD 相关的基因表达研究场景。由于其为差异表达实验并涉及肺泡巨噬细胞与外周血单核细胞,可用于比较两类细胞在 COPD 条件下的表达变化、考察表达特征的重叠情况,以及探索表达特征与肺功能之间的关联。主题标签 Differential 表明其适合差异表达分析相关的教学、方法验证或生物信息学流程测试。关于具体的下游分析类型或已验证的应用案例,源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 EBI Expression Atlas 获取,具体访问路径与下载方式以源站记录为准。使用时应注意其为差异表达实验,分析时应围绕差异表达结果展开。关于数据格式、文件组织、预处理步骤或推荐的分析工具,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 EBI Expression Atlas,属于公开实验记录,但关于其样本量、统计功效、批次效应控制、数据完整性或验证实验等信息,源站未提供。使用时应结合源站记录自行评估数据适用性。关于许可条款与使用限制,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的英文名称与来源站信息已明确,引用时应参考 EBI Expression Atlas 中对应实验记录。关于具体的引用文献、作者列表、发表期刊或数据许可协议,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-GEOD-16972

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Expression Atlas实验(差异表达)。物种:Homo sapiens。肺泡巨噬细胞及外周血单核细胞的COPD特异性基因表达特征存在重叠,并与肺功能相关

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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