特发性肺纤维化预测性自身抗原蛋白质组学工作流（队列1）

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/pride/PXD024113

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

理由：特发性肺纤维化（IPF）的诊断需要排除潜在的自身免疫性疾病，如结缔组织病相关间质性肺病（CTD-ILD）中所见。目前IPF患者中自身抗体的患病率尚不清楚。目的：一种用于从头发现自身抗原的无偏倚检测方法有助于在临床已建立的自身免疫抗体谱之外表征IPF患者的自身反应性。方法：我们开发了蛋白质组学差异抗原捕获（DAC）检测法，从血浆中捕获患者抗体，随后进行亲和纯化并结合质谱分析（AP-MS）。DAC检测法量化患者抗体与肺外植体混合天然提取物中蛋白质的结合能力（ILD外植体n=41；供体对照n=12）。对IPF患者（n=35）、CTD-ILD患者（n=24）和年龄匹配对照（n=32）的血浆抗体进行了分析，并在独立队列中进行了验证（IPF：n=40；CTD-ILD：n=20）。血浆抗体结合谱与临床元数据相关联，包括诊断、肺功能和无移植生存期。

测量与主要结果：我们在两个研究队列中鉴定出586种可能的自身抗原，这些抗原在疾病实体和队列之间具有广泛的异质性。平均而言，在IPF中每位患者鉴定出16±40种自身抗原（均值±标准差），在CTD-ILD中每位患者鉴定出9±15种自身抗原。我们鉴定出18种IPF特异性自身抗原，并在第二队列中进行了验证。有趣的是，IPF和CTD-ILD患者中还存在大量共享自身抗原，其中17种在两个队列的IPF和CTD-ILD中均存在。针对血小板反应蛋白1（THBS1）和微管蛋白β-1链（TUBB1）的抗体存在与IPF患者生存期显著缩短相关（分别为p=0.002和p=0.019）。该特征常与针对talin-1（TLN1）、潜伏转化生长因子β结合蛋白1（LTBP1）、附睾se

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。