大鼠孤束核气管内博来霉素或生理盐水第7天和第28天RNA测序
该 BioProject 收录了大鼠孤束核在气管内给予博来霉素或生理盐水后第7天和第28天的 RNA 测序数据，属于呼吸道疾病与肺纤维化研究方向
基本信息
资源简介
大鼠孤束核气管内博来霉素或生理盐水第7天和第28天RNA测序
该数据集为 NCBI BioProject 收录的一项 RNA 测序项目，英文名称为“PRJNA1541549: RNA sequencing of rat nucleus of the solitary tract following intratracheal bleomycin or saline at days 7 and 28”。从名称可以看出，研究对象为大鼠孤束核，处理方式包括气管内给予博来霉素或生理盐水，取样时间点为处理后第7天和第28天，所产生的是 RNA 测序数据。该数据集在本站被归类为呼吸道疾病 / 肺纤维化方向，主题标签为原始序列读段（Raw sequence reads）。整体而言，该项目围绕博来霉素诱导的肺损伤或肺纤维化模型，采集大鼠孤束核组织的转录组信息，用于探索呼吸道疾病相关的中枢神经核团基因表达变化，属于肺纤维化研究领域中的测序数据资源。
【数据集背景】
该数据集来源于 NCBI 的 BioProject 数据库，源站标题为“ID 1541549 - BioProject - NCBI”。BioProject 是 NCBI 提供的一种项目记录形式，用于汇集与某一项研究计划相关的多种生物数据，这些数据通常来自单一机构或联合体。一个 BioProject 记录为用户提供统一入口，以便查找该项目所产生的不同类型的数据。本项目即属于此类记录，其研究背景与呼吸道疾病、肺纤维化相关，采用大鼠模型，通过气管内给药方式比较博来霉素与生理盐水处理后的转录组差异，并设置第7天和第28天两个时间点，以观察不同阶段的基因表达特征。
【数据内容】
该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，表明其核心数据为 RNA 测序产生的原始序列读段。测序对象为大鼠孤束核，该核团是中枢神经系统内参与呼吸、心血管等自主功能调控的重要区域。实验条件包括气管内给予博来霉素或生理盐水，并在处理后第7天和第28天采集样本进行 RNA 测序。因此，数据内容涵盖不同处理组和不同时间点下大鼠孤束核的转录组原始读段。除上述信息外，关于样本数量、测序平台、读长、数据量等具体细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI 的 BioProject 数据库记录。项目英文名称明确指出了实验物种（大鼠）、靶组织（孤束核）、给药途径（气管内）、处理因素（博来霉素或生理盐水）以及时间点（第7天和第28天）。这些信息构成了该数据采集的基本框架。关于样本采集的具体操作流程、动物品系、饲养条件、伦理审批信息、测序建库方法等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于呼吸道疾病与肺纤维化相关的研究方向，尤其是关注中枢神经系统在肺损伤或纤维化过程中转录组变化的研究。具体而言，可用于分析博来霉素诱导的肺纤维化模型下大鼠孤束核的基因表达差异，比较不同处理组（博来霉素与生理盐水）以及不同时间点（第7天与第28天）之间的转录组特征。此外，也可作为肺纤维化研究中中枢机制探索的参考数据，或用于与其它呼吸系统疾病模型的测序数据进行比较分析。由于主题标签为原始序列读段，该数据适合需要从原始读段开始进行质控、比对和定量分析的转录组研究。
【使用方法】
使用者可通过 NCBI BioProject 数据库访问该记录，并依据项目编号查找相关的原始序列读段数据。通常，RNA 测序原始读段可用于后续的生物信息学分析，例如质量控制、序列比对、转录本组装、基因表达定量以及差异表达分析等。由于该数据集涉及两个处理组和两个时间点，使用者可据此设计分组比较，以探究博来霉素与生理盐水处理之间、以及第7天与第28天之间的基因表达变化。关于数据的具体下载方式、文件格式、是否提供配套的分析流程或注释文件，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集为 BioProject 记录，提供的是项目层面的描述和原始序列读段链接，而非经过完整分析的结果数据。因此，使用者在分析时需自行完成质控、比对和统计等步骤。关于测序质量、重复数、批次效应、样本量是否充足等信息，源站未提供。此外，该数据集仅涉及大鼠孤束核组织，结论不宜直接外推至其他物种、其他脑区或其他疾病模型。由于缺乏详细的实验方法和样本信息，使用者在解释结果时需谨慎，并应结合原始文献或项目关联信息进行核实。
【引用与许可】
该数据集的引用方式应遵循 NCBI BioProject 的通用要求，引用项目编号 PRJNA1541549 及源站标题“ID 1541549 - BioProject - NCBI”。关于该数据集的具体许可条款、使用限制或授权要求，源站未提供。使用者在使用前应查阅 NCBI 的相关政策以及项目页面中可能列出的附加说明。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1541549
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本研究探讨了气管内注射博来霉素或溶媒后，孤束核尾侧/连合部（NTS）的转录变化。雄性Sprague-Dawley大鼠在8周龄时接受单次气管内注射硫酸博来霉素（7.5 mg/kg）或等体积无菌生理盐水。分别在7天或28天后，即9周龄或12周龄时，收集双侧NTS组织。该数据集包含24个生物学样本，每个处理/时间组6只动物。每个样本包含来自一只动物的双侧NTS打孔组织。Poly(A)选择的Illumina TruSeq RNA文库由AGRF使用NovaSeq X Plus进行测序，150 bp双端读长。所提交的文件为保留的过滤后BAM比对结果。由于测序供应商服务器副本被删除，原始FASTQ文件和单独编写的未比对读长不可用；所提交的比对结果并非原始读长的完整存档。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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