ICU急性和慢性肺炎患者铜绿假单胞菌分离株的比较转录组分析

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE180499

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数据说明

本研究对来自肺炎患者的两种临床铜绿假单胞菌（Pa）菌株进行了比较分析：1）急性菌株（CMC-115）和2）慢性多重耐药及碳青霉烯类耐药菌株（CMC-097），两者具有不同的表型和遗传特征。在实验室培养的早期稳定生长期，利用假单胞菌DNA GeneChip微阵列和Illumina RNA-Seq技术对两株菌进行了转录组分析。比较转录组分析鉴定出两种技术均检测到两菌株间差异表达≥4.0倍的134个基因，其中包括急性菌株CMC-115中较高的毒力基因，如鞭毛、pyoverdine和吩嗪基因，以及慢性菌株CMC-097中较高的3型分泌系统（T3SS）和pyochelin生物合成基因。特别是，DNA微阵列提示并经RNA-Seq分析证实，急性菌株CMC-115中完全缺失3型分泌系统基因。

结合RNA-Seq和DNA微阵列方法的联合分析还识别出了重要基因，这些基因在用于DNA微阵列设计的参考PAO1基因组中或是缺失，或是高度变异。例如，RNA-Seq数据在慢性菌株CMC-097中识别出一个包含多个多药耐药基因的操纵子：aacA27、β-内酰胺酶（blaOXA-2）、qacΔE、sul1和GNAT-N。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。