PleThora胸膜积液与胸腔分割数据集

PleThora 基于TCIA NSCLC-Radiomics胸部CT,提供胸腔和胸腔积液分割标注,适合胸膜疾病、胸腔积液和病变肺处理流程评测。 数据包含真实病例或专家标注信息,适用于围绕相关疾病开展模型训练、表型抽取、影像识别、分割、预后评估或临床自然语言处理等研究。

University of Michigan / TCIAUniversity of Michigan / TCIA
The Cancer Imaging Archive
2020-07-28 更新
浏览 51
图像图像分割Lung Non-Small Cell Carcinoma
PleThora

基本信息

模态
图像
大小
0.03 GB
数据量
402
任务类型
图像分割
许可
CC BY 4.0
创建/更新时间
2020-07-28

资源简介

PleThora胸膜积液与胸腔分割数据集

【一句话概览】

本数据集是 TCIA 公开的影像数据集,收录 合计 29.27 MB、402 例受试者,主题涵盖 Lung Non-Small Cell Carcinoma,可用于医学图像分割、检测与分类模型的训练与评测,CC BY 3.0 许可开放获取。

【数据集背景】

本数据集源站标题为《Thoracic Volume and Pleural Effusion Segmentations in Diseased Lungs for Benchmarking Chest CT Processing Pipelines》。源站首次发布:2020/07/28。

【数据内容】

源站原始描述:The thoracic cavity segmentations were generated automatically by a U-Net based algorithm trained on chest CTs without cancer, manually corrected by a medical student, and revised by a radiation oncologist or a radiologist. Pleural effusion segmentations were manually delineated by a medical student and revised by a radiologist. Expert GTV segmentations already provided by the NSCLC-Radiomics collection helped inform our segmentations, and areas of the effusion that overlap with GTVs are not inc…

中文译文(机器翻译,仅供快速理解,请以原文为准):胸腔分割由基于U-Net的算法自动生成,该算法在无癌症的胸部CT上训练,并由一名医学生手动校正,随后由一名放射肿瘤科医生或放射科医生修订。胸腔积液分割由一名医学生手动勾画,并由一名放射科医生修订。NSCLC-Radiomics集合已提供的专家GTV分割有助于指导我们的分割,且与GTV重叠的积液区域未纳入。有兴趣利用影像生物标志物输入区分GTV与积液的研究人员可能会发现我们的胸腔积液分割有用,尤其是与NSCLC-Radiomics集合中提供的GTV分割配对使用时。

【数据结构与技术规格】

数据集 DOI:10.7937/tcia.2020.6c7y-gq39。

【主题与分类】

主题标签:Lung Non-Small Cell Carcinoma。

【适用方向】

影像类数据可用于医学图像分析模型(检测、分割、分类)的训练与评测,也可用于标注质量与成像参数相关性的研究。

【获取与许可】

源站页面:https://www.cancerimagingarchive.net/analysis-result/plethora/

使用许可:CC BY 3.0(https://creativecommons.org/licenses/by/3.0/)。

规范引用:Kiser, K.J., Ahmed, S., Stieb, S.M., Mohamed, A.S.R., Elhalawani, H., Park, P.Y.S., Doyle, N.S., Wang, B.J., Barman, A., Fuller, C.D., Giancardo, L. (2020). Data from the Thoracic Volume and Pleural Effusion Segmentations in Diseased Lungs for Benchmarking Chest CT Processing Pipelines (PleThora) [D…

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取(TCIA 标准方式)

方式一:NBIA 搜索

  1. 打开 NBIA 搜索页(免费注册 TCIA 账号);
  2. 按本数据集 Collection 名称筛选(见源站页面),加入 Download Basket;
  3. 用 NBIA Download Manager 批量下载 DICOM。

方式二:NBIA API(程序化)

curl -s "https://services.cancerimagingarchive.net/nbia-api/services/v1/getSeries?Collection=COLLECTION_NAME" -o series.json

方式三:TCIA Manifest + dicomsort

在 Collection 页面下载 .tcia manifest 文件后用 NBIA CLI 下载。

数据集大小约 0.03 GB。

数据说明

PleThora 基于TCIA NSCLC-Radiomics胸部CT,提供胸腔和胸腔积液分割标注,适合胸膜疾病、胸腔积液和病变肺处理流程评测。

数据加载示例(DICOM 影像)

import pydicom, glob, os
files = glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.dcm"), recursive=True)
d = pydicom.dcmread(files[0])
print("Modality:", d.Modality)
img = d.pixel_array

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