磷酸化人囊性纤维化跨膜传导调节因子(CFTR)与ATP/Mg及Lumacaftor(VX-809)的复合物

EMPIAR-11008 磷酸化人囊性纤维化跨膜传导调节因子(CFTR)与ATP/Mg及Lumacaftor(VX-809)的复合物 5.8 未对齐多帧显微图像,对象为磷酸化人囊性纤维化跨膜传导调节因子(CFTR)与ATP/Mg及Lumacaftor(VX-809)的复合物

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医学影像图像分割囊性纤维化CFTRLumacaftorVX-809ATP/MgEMPIAR-11008呼吸道疾病
The complex of phosphorylated human cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR) with ATP/Mg and Lumacaftor (VX-809)

基本信息

模态
医学影像
任务类型
图像分割
创建/更新时间
2026-10-09

资源简介

磷酸化人囊性纤维化跨膜传导调节因子(CFTR)与ATP/Mg及Lumacaftor(VX-809)的复合物

该数据集为磷酸化人囊性纤维化跨膜传导调节因子(CFTR)与ATP/Mg及Lumacaftor(VX-809)形成的复合物结构研究数据,属于呼吸道疾病/囊性纤维化方向。数据来源于ebi.ac.uk,对应EMPIAR-11008条目,内容为5.8未对齐多帧显微图像,研究对象是磷酸化人囊性纤维化跨膜传导调节因子(CFTR)与ATP/Mg及Lumacaftor(VX-809)的复合物。该数据集可用于观察该复合物在接近生理条件下的颗粒形态与分布,为相关结构解析提供原始图像基础。

【数据集背景】

囊性纤维化是一种与CFTR功能异常相关的呼吸道疾病。CFTR是一种跨膜传导调节因子,其磷酸化状态及与核苷酸、小分子配体的结合情况,可能影响蛋白构象与功能。Lumacaftor(VX-809)是本研究复合物中出现的配体,ATP/Mg则代表核苷酸与镁离子条件。该数据集围绕磷酸化人CFTR与ATP/Mg及Lumacaftor(VX-809)的复合物展开,属于结构生物学与呼吸道疾病交叉领域。源站未提供更详细的疾病机制、研究假设或实验设计背景。

【数据内容】

数据集英文名为The complex of phosphorylated human cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR) with ATP/Mg and Lumacaftor (VX-809)。源站描述指出,该数据为EMPIAR-11008,内容为5.8未对齐多帧显微图像,对象是磷酸化人囊性纤维化跨膜传导调节因子(CFTR)与ATP/Mg及Lumacaftor(VX-809)的复合物。短描述同样强调,这是该复合物的5.8未对齐多帧显微图像。由此可知,数据主体为未对齐的多帧显微图像集合,而非已对齐、已重建或已建模的最终结构。源站未提供图像数量、像素尺寸、放大倍数、帧数、总数据量等具体参数。

【采集与来源】

该数据集来源站为ebi.ac.uk,对应EMPIAR-11008条目。EMPIAR是电子显微镜公共图像存档库,通常用于存放冷冻电镜等显微图像数据。源站描述中“5.8 Unaligned multi-frame micrographs”表明,这些图像处于未对齐的多帧状态,可能适合后续进行帧对齐、运动校正、颗粒挑选与三维重建等处理。源站未提供具体的采集设备、探测器、加速电压、曝光时间、采集日期、样本制备方法或实验地点等信息。

【适用场景】

该数据集适用于囊性纤维化相关CFTR复合物的结构生物学研究,尤其是需要从原始显微图像出发进行图像处理与三维重建的场景。由于数据为未对齐多帧显微图像,使用者可将其用于帧对齐、运动校正、CTF估计、颗粒挑选、二维分类与三维重构等流程。研究对象包含磷酸化CFTR、ATP/Mg与Lumacaftor(VX-809),因此也可用于分析该复合物在不同配体结合状态下的构象特征。源站未提供该数据集在药物开发、临床诊断或高通量筛选中的具体应用说明。

【使用方法】

使用者可从ebi.ac.uk的EMPIAR-11008条目获取该数据集。由于数据为未对齐多帧显微图像,通常需要先进行帧对齐与运动校正,再进行后续图像处理。具体处理软件、参数、流程和推荐工具,源站未提供。使用者应根据自身研究目的和图像处理经验,选择合适的方法。若需了解该数据是否已有关联的公开重建结果或发表文献,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为5.8未对齐多帧显微图像,意味着图像尚未经过对齐处理,可能包含帧间漂移、运动模糊或未校正的剂量损伤等影响。使用者需自行评估图像质量并完成必要的预处理。源站未提供分辨率、信噪比、对比度、颗粒完整性、数据集完整性或任何质量评价指标。此外,源站未提供样本纯度、构象均一性、配体 occupancy 等信息,因此无法判断该复合物是否处于稳定或均一状态。该数据集仅覆盖磷酸化人CFTR与ATP/Mg及Lumacaftor(VX-809)的复合物,不涉及其他突变体、其他配体或其他物种的CFTR。

【引用与许可】

该数据集来源站为ebi.ac.uk,对应EMPIAR-11008。源站未提供具体的引用格式、DOI、作者列表、发表文献或许可条款。使用者在使用该数据集时,应访问ebi.ac.uk的EMPIAR-11008条目,查看源站提供的引用要求与使用许可。源站未提供数据共享协议、商业使用限制或再分发条件。

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数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/biostudies/studies/EMPIAR-11008

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

EMPIAR-11008 磷酸化人囊性纤维化跨膜传导调节因子(CFTR)与ATP/Mg及Lumacaftor(VX-809)的复合物 5.8 磷酸化人囊性纤维化跨膜传导调节因子(CFTR)与ATP/Mg及Lumacaftor(VX-809)复合物的未对齐多帧显微图像

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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