去磷酸化人囊性纤维化跨膜传导调节因子(CFTR)与Lumacaftor(VX-809)复合物

EMPIAR-11006 去磷酸化人囊性纤维化跨膜传导调节因子(CFTR)与Lumacaftor(VX-809)复合物 1.4 去磷酸化人囊性纤维化跨膜传导调节因子(CFTR)与Lumacaftor(VX-809)的未对齐多帧显微图像 -

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医学影像图像分割囊性纤维化CFTRLumacaftorVX-809呼吸道疾病EMPIAR-11006冷冻电镜
The complex of dephosphorylated human cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR) and Lumacaftor (VX-809)

基本信息

模态
医学影像
任务类型
图像分割
创建/更新时间
2026-10-09

资源简介

去磷酸化人囊性纤维化跨膜传导调节因子(CFTR)与Lumacaftor(VX-809)复合物

该数据集收录的是去磷酸化人囊性纤维化跨膜传导调节因子(CFTR)与Lumacaftor(VX-809)复合物的冷冻电镜显微图像数据,来源为EMPIAR数据库,编号EMPIAR-11006。数据集聚焦于囊性纤维化这一呼吸道疾病相关靶点,提供了该蛋白复合物在去磷酸化状态下的未对齐多帧显微图像,属于结构生物学与呼吸道疾病研究交叉领域的基础实验数据。整体而言,该数据集为研究CFTR蛋白与校正剂Lumacaftor的相互作用提供了原始成像素材,适用于从事膜蛋白结构解析、囊性纤维化机制探索以及药物作用研究的相关人员参考使用。

【数据集背景】

囊性纤维化是一种与呼吸道相关的疾病,其分子基础与囊性纤维化跨膜传导调节因子(CFTR)的功能异常密切相关。CFTR是一种跨膜传导调节因子,其磷酸化状态与功能调控存在关联。本数据集所涉及的样本为去磷酸化的人源CFTR与Lumacaftor(VX-809)形成的复合物。Lumacaftor作为一种与CFTR相关的化合物,在该复合物中与去磷酸化的CFTR共同存在。该数据集以复合物为研究对象,为理解该蛋白在特定磷酸化状态下的结构信息提供了实验数据支撑。数据集归属于呼吸道疾病/囊性纤维化分类,与疾病相关的基础研究直接对应。

【数据内容】

本数据集的核心内容为去磷酸化人CFTR与Lumacaftor(VX-809)复合物的未对齐多帧显微图像。根据源站描述,该数据对应EMPIAR-11006条目,版本标识为1.4,内容为上述复合物的未对齐多帧显微图像(Unaligned multi-frame micrographs)。这些图像属于冷冻电镜成像流程中未经对齐处理的原始帧图像,记录了样品在电子束下采集的多帧信号。数据集不包含已对齐或重建后的三维结构,也不包含额外的注释信息。除上述图像内容外,源站未提供其他数据类型说明。

【采集与来源】

该数据集来源于ebi.ac.uk,对应EMPIAR数据库中的EMPIAR-11006条目。EMPIAR是电子显微公共图像存档库,用于存储生物大分子电子显微成像的原始图像数据。本数据集的源站描述明确标注了其内容为去磷酸化人CFTR与Lumacaftor(VX-809)复合物的未对齐多帧显微图像,版本为1.4。关于具体的采集设备、成像参数、放大倍数、像素尺寸、电子剂量等实验细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于需要获取去磷酸化人CFTR与Lumacaftor(VX-809)复合物原始显微图像的研究场景。典型用途包括:对未对齐多帧图像进行后续的图像处理与对齐操作;开展该复合物的单颗粒分析或结构解析工作;研究CFTR在去磷酸化状态下与Lumacaftor结合的相关结构特征;以及作为囊性纤维化相关膜蛋白结构研究的原始数据来源。此外,该数据也可用于方法学比较,例如不同对齐策略或图像处理流程在同类膜蛋白复合物数据上的表现评估。由于数据为未对齐的原始帧,使用者需具备相应的冷冻电镜图像处理能力。

【使用方法】

使用该数据集时,通常需要先获取EMPIAR-11006条目下的未对齐多帧显微图像,然后按照冷冻电镜单颗粒分析的标准流程进行后续处理,包括帧对齐、颗粒挑选、二维分类、三维重建等步骤。由于数据以未对齐多帧形式提供,使用者可根据自身需求选择合适的对齐与校正方法。对于关注CFTR与Lumacaftor复合物的研究,可在重建后进一步分析复合物的构象与相互作用特征。具体的数据下载方式、文件组织格式以及处理软件建议,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为未对齐的多帧显微图像,尚未经过对齐处理,因此图像中可能包含漂移等需要后续校正的因素。数据仅涵盖去磷酸化人CFTR与Lumacaftor(VX-809)复合物这一特定样本,不涉及其他磷酸化状态或其他配体复合物。数据集版本为1.4,不同版本之间可能存在差异。关于图像分辨率、数据完整度、信噪比等质量指标,以及数据集在样本代表性方面的具体限制,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于ebi.ac.uk的EMPIAR数据库,条目编号为EMPIAR-11006。使用该数据集时,应遵循EMPIAR数据库的引用规范与许可要求。关于具体的引用格式、数据许可条款以及使用限制,源站未提供。

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数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/biostudies/studies/EMPIAR-11006

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  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

EMPIAR-11006 去磷酸化人囊性纤维化跨膜传导调节因子(CFTR)与Lumacaftor(VX-809)的复合物 1.4 去磷酸化人囊性纤维化跨膜传导调节因子(CFTR)与Lumacaftor(VX-809)的未比对多帧显微照片 -

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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