食蟹猴哮喘模型气道重塑与炎症的单细胞转录组特征

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE213085

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

猴疾病模型在遗传、解剖和生理特征方面与人类相似，对于理解疾病机制和评估生物治疗效率具有重要意义。在此，我们通过单细胞转录组测序（scRNA-seq）建立了由A.suum诱导的食蟹猴哮喘模型，以分析肺部气道炎症和重塑的特征。哮喘模型通过肺功能测试和组织学表征显示出气道高反应性和重塑。scRNA-seq揭示该模型增加了基质细胞、上皮细胞和间充质细胞（MCs）的数量。特别是，该模型增加了肺内皮细胞（ECs）、成纤维细胞（Fibs）和平滑肌细胞（SMCs）的数量，其中ECs和Fibs中与细胞功能相关的基因表达上调，富集于细胞迁移和血管生成，而SMCs中则富集于VEGF驱动的细胞增殖、凋亡过程和补体激活。有趣的是，我们发现了一种新型Fib亚型，其介导哮喘肺中的I型炎症。

此外，在哮喘肺中发现MCs细胞可调节气道重塑和免疫反应，其基因表达升高并富集于细胞迁移、增殖、血管生成和先天免疫反应。尽管在采集肺组织时哮喘肺中的上皮细胞数量未发生变化，但其基因表达显著改变，在大多数上皮细胞亚型中富集于IL-17信号通路和凋亡等生物学过程。此外，泛素过程和DNA修复在纤毛上皮细胞中更为普遍。最后，细胞间相互作用分析揭示了基质细胞、MCs和巨噬细胞之间复杂的网络，这些网络促进了哮喘的发生和气道重塑。我们的发现为理解……提供了重要资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。