马尔堡病毒感染免疫应答的转录谱分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE58287

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

马尔堡病毒是一种基因结构简单的RNA病毒，感染人类和非人灵长类动物后会引起严重的出血热。这种发病机制的具体过程尚不完全清楚，但普遍认为，过度活跃的免疫反应在很大程度上驱动了发病过程。为了更好地理解机体对马尔堡病毒挑战的总体反应，我们对食蟹猕猴经气溶胶暴露于致死剂量马尔堡病毒后血液中循环免疫细胞进行了转录组分析。利用双色微阵列技术，我们分析了暴露后1至9天感染全程中采集的外周血单核细胞的转录组，涵盖了整个感染过程。宿主对气溶胶化马尔堡病毒的反应在暴露后第1天即已显现。该反应遵循由强大的先天免疫应答主导的三阶段模式。

对感染期间过表达的细胞因子转录本进行分析表明，先前未分析的细胞因子很可能在暴露于马尔堡病毒后诱导产生，并进一步提示免疫反应可能倾向于Th2型反应，从而阻碍有效抗病毒免疫反应的发展。感染晚期事件包括凝血相关因子的上调。这些发现为研究马尔堡病毒感染的发病机制提供了新途径，并提供了一套丰富的、在整个感染过程中表达的因子数据集，可作为感染标志物和治疗靶点进行研究。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。