过敏性哮喘、过敏性鼻炎或健康非特应性受试者Th2细胞的RNA-seq

该数据集来自EBI的Expression Atlas实验(Differential),物种为Homo sapiens,包含过敏性哮喘、过敏性鼻炎或健康非特应性受试者Th2细胞的RNA-seq数据

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基因组分类Differential
E-GEOD-75011: RNA-seq of Th2 cells from subjects with allergic asthma, allergic rhinitis or healthy non-atopic subjects

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-09

资源简介

过敏性哮喘、过敏性鼻炎或健康非特应性受试者Th2细胞的RNA-seq

E-GEOD-75011 是一个来源于 EBI(ebi.ac.uk)Expression Atlas 的差异表达实验数据集,全称为“RNA-seq of Th2 cells from subjects with allergic asthma, allergic rhinitis or healthy non-atopic subjects”。该数据集以 Homo sapiens(人类)为研究对象,聚焦于过敏性哮喘、过敏性鼻炎以及健康非特应性受试者来源的 Th2 细胞,采用 RNA-seq 技术获取转录组表达信息。在本站分类中,该数据集归属于呼吸系统疾病 / 哮喘方向,主题标签为 Differential,即差异表达分析。整体而言,该数据集为研究过敏性疾病背景下 Th2 细胞的基因表达差异提供了公开可用的转录组数据资源,适合关注哮喘、过敏性鼻炎及相关免疫机制的科研人员参考使用。

【数据集背景】

过敏性疾病,包括过敏性哮喘和过敏性鼻炎,是常见的慢性呼吸系统与免疫相关疾病。Th2 细胞作为辅助性 T 细胞的重要亚群,在过敏反应和气道炎症中发挥关键作用。E-GEOD-75011 数据集正是围绕这一生物学背景而建立,旨在通过 RNA-seq 技术比较不同过敏状态受试者 Th2 细胞的基因表达情况。该数据集来源于 EBI 的 Expression Atlas,属于其中的 Differential 实验类型,意味着其设计目的包含差异表达分析,可用于探索过敏性哮喘、过敏性鼻炎与健康非特应性状态之间 Th2 细胞转录组的异同。该数据集在本站被归类于呼吸系统疾病 / 哮喘,说明其与哮喘研究领域密切相关,同时也覆盖过敏性鼻炎这一相关过敏性疾病。

【数据内容】

该数据集的核心内容是来自三类受试者的 Th2 细胞 RNA-seq 数据:过敏性哮喘受试者、过敏性鼻炎受试者以及健康非特应性受试者。物种为 Homo sapiens。数据主题标签为 Differential,表明该实验包含差异表达分析,可用于比较不同组别之间基因表达水平的差异。RNA-seq 能够对 Th2 细胞的转录组进行较全面的检测,从而反映不同过敏状态下 Th2 细胞的基因表达特征。该数据集来源于 Expression Atlas 实验,属于公开的转录组数据资源。关于样本数量、测序深度、具体基因列表、差异表达倍数、显著性阈值等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ebi.ac.uk,即欧洲生物信息研究所(EBI)的 Expression Atlas 平台。源站描述明确指出,这是一个 Expression Atlas experiment(Differential),物种为 Homo sapiens,内容为过敏性哮喘、过敏性鼻炎或健康非特应性受试者 Th2 细胞的 RNA-seq。本站将其分类为呼吸系统疾病 / 哮喘,并标注主题标签为 Differential。关于样本采集的具体地点、时间、伦理审批信息、受试者招募标准、测序平台型号、建库方法等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于过敏性疾病和呼吸系统疾病相关的转录组研究场景。具体而言,可用于分析过敏性哮喘、过敏性鼻炎与健康非特应性受试者之间 Th2 细胞基因表达的差异,帮助研究者识别与过敏状态相关的候选基因或表达模式。由于主题标签为 Differential,该数据集适合用于差异表达分析、组间比较以及后续的功能富集或通路分析等探索性研究。此外,该数据集也可作为哮喘和过敏性鼻炎研究中的公共数据资源,用于方法验证、结果对照或整合分析。关于具体的适用分析流程、推荐工具或分析参数,源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 EBI Expression Atlas 平台获取,具体访问方式、下载格式、数据文件组织方式以及是否需要注册或遵守特定使用条款,源站未提供。用户在使用时,应参考 Expression Atlas 平台的一般说明和该实验页面的具体指引。由于该数据集属于 Differential 实验,使用者可关注其差异表达分析结果,并结合自身研究目的进行解读。关于如何加载数据、如何处理原始计数或标准化表达值、如何重现差异分析等操作细节,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来源于 EBI Expression Atlas,属于公开的 Expression Atlas 实验,来源站为 ebi.ac.uk。其物种为 Homo sapiens,数据内容为 Th2 细胞的 RNA-seq,涵盖过敏性哮喘、过敏性鼻炎和健康非特应性受试者。关于数据质量评估指标、测序质量、样本排除标准、批次效应、技术重复、生物学重复数量以及潜在偏倚等信息,源站未提供。因此,使用者在解释结果时应注意这些限制,并结合其他独立数据或实验验证进行综合判断。

【引用与许可】

该数据集来源于 ebi.ac.uk 的 Expression Atlas 平台,英文名称为 E-GEOD-75011: RNA-seq of Th2 cells from subjects with allergic asthma, allergic rhinitis or healthy non-atopic subjects。关于该数据集的具体引用方式、原始文献、作者列表、发表期刊、许可协议、使用限制以及是否允许再分发等信息,源站未提供。使用者应直接访问 EBI Expression Atlas 对应页面,以获取最新的引用和许可要求。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-GEOD-75011

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Expression Atlas experiment (Differential). Species: Homo sapiens. RNA-seq of Th2 cells from subjects with allergic asthma, allergic rhinitis or healthy non-atopic subjects

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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