人类肺部细胞普查识别健康与哮喘中的新细胞状态

数据集获取

源站：https://data.humancellatlas.org/explore/projects/c0518445-3b3b-49c6-b8fc-c41daa4eacba

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

人肺能够实现高效的气体交换，并与环境形成界面；该界面依赖黏膜免疫来防御感染性病原体。维持肺稳态需要结构细胞与免疫细胞之间受到严密调控的相互作用。在此，我们使用单细胞转录组学绘制健康肺的上气道、下气道和肺实质，以及哮喘肺下气道的细胞图谱。我们报告了位置依赖性的气道上皮细胞状态，以及一种新的组织驻留记忆 T 细胞亚群。在哮喘患者的下气道中，黏液细胞增生被证明既源于一种新的黏液纤毛细胞状态，也源于杯状细胞增生。我们报告了哮喘肺中存在致病性效应性 2 型辅助性 T 细胞（T H 2），并发现 2 型细胞因子维持已改变的上皮细胞状态的证据。无偏倚的细胞间相互作用分析发现，从健康肺中气道的结构细胞通讯转变为哮喘肺中以 T H 2 为主导的相互作用组。器官：肺、鼻。Human Cell Atlas 项目（单细胞）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。