Chordoma Foundation组学数据
Chordoma Foundation组学数据是公开可访问数据集，包含颅底和脊柱脊索瘤细胞系、PDX和组学数据说明等表格数据，围绕颅底肿瘤相关临床表现、影像、信号或组学信息，适合用于分类、模型训练、外部验证和疾病机制探索。
基本信息
资源简介
Chordoma Foundation组学数据
【一句话概览】
脊索瘤基金会利用全外显子测序（WES，100X，150bp双端）和全转录组测序（WTS，80M reads，150bp双端），对21个脊索瘤细胞系和12个患者来源异种移植（PDX）模型进行了全面表征。每个模型在至少两个传代中对四个生物学重复进行WTS，以反映基因表达差异。原始测序数据可在Cavatica下载，模型测序汇总数据可在PedcBioPortal获取。此外，公开数据集列表涵盖RNA-seq、甲基化、WES和WGS等多种数据类型，供研究人员和临床医生使用（来源 chordomafoundation.org）。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《Chordoma-omics data》。
【数据内容】
源站原始描述：Explore a comprehensive list of publicly available chordoma datasets, featuring both published and unpublished resources accessible to researchers and clinicians. This live spreadsheet captures an array of data types, including RNA-seq, methylation, WES, and WGS, providing valuable data to support chordoma research and enhance insights. The Chordoma Foundation has conducted comprehensive characterization of 21 chordoma cell lines and 12 patient-derived xenograft (PDX) models using Whole Exome Se…
中文译文（机器翻译，仅供快速理解，请以原文为准）：探索一份全面的公开脊索瘤数据集列表，涵盖已发表和未发表资源，供研究人员和临床医生使用。这份实时更新的电子表格汇集了多种数据类型，包括RNA-seq、甲基化、WES和WGS，为脊索瘤研究提供宝贵数据支持，增进洞见。脊索瘤基金会利用全外显子组测序（WES）（100X，150bp双端）和全转录组测序（WTS）（80M reads，150bp双端）对21个脊索瘤细胞系和12个患者衍生异种移植（PDX）模型进行了全面表征。每个模型在至少两个传代阶段进行了四个生物学重复（即不同的PDX肿瘤或细胞培养皿）的WTS，以考虑基因表达变异性。原始测序数据可在Cavatica上下载。模型测序汇总数据可在PedcBioPortal上获取。
【主题与分类】
主题标签：chordoma、RNA-seq、methylation、WES、WGS、cell lines、PDX、Whole Exome Sequencing、Whole Transcriptome Sequencing。
【适用方向】
结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。
【获取与许可】
源站页面：https://www.chordomafoundation.org/researchers/chordoma_data/
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
暂未开放有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://www.chordomafoundation.org/researchers/chordoma_data/
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Chordoma Foundation组学数据包含颅底和脊柱脊索瘤细胞系、PDX和组学数据说明等表格数据，可用于颅底肿瘤相关分类、诊断建模、分型或外部验证。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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