TCGA成人软组织肉瘤数据集
TCGA成人软组织肉瘤数据集公开提供表格数据，围绕泛肉瘤比较和预后相关病例、标注或临床/组学信息，适合用于分类、算法训练、外部验证、表型分析和疾病机制探索。
基本信息
资源简介
TCGA成人软组织肉瘤数据集
【一句话概览】
研究对206例成人软组织肉瘤（涵盖6种主要类型）进行了多平台分子特征分析。结果显示，除滑膜肉瘤外，这些肉瘤以拷贝数改变为主，突变负荷低，仅TP53、ATRX、RB1等少数基因在各类型中高度反复突变；驱动通路的基因组与调控组多样性可划分出与患者预后相关的分子亚型；由DNA甲基化和mRNA谱推断的免疫微环境与预后相关，或可为免疫检查点抑制剂临床试验提供参考。该分析揭示了肉瘤类型特异的拷贝数、甲基化、RNA和蛋白质改变，为优化肉瘤治疗及理解其与其他癌症的关系提供了线索（来源 gdc.cancer.gov）。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《Comprehensive and Integrated Genomic Characterization of Adult Soft Tissue Sarcomas》。
【数据内容】
源站原始描述：Sarcomas are a broad family of mesenchymal malignancies exhibiting remarkable histologic diversity. We describe the multi-platform molecular landscape of 206 adult soft tissue sarcomas representing 6 major types. Along with novel insights into the biology of individual sarcoma types, we report three overarching findings: 1) unlike most epithelial malignancies, these sarcomas (excepting synovial sarcoma) are characterized predominantly by copy number changes, with low mutational loads and only a…
中文译文（机器翻译，仅供快速理解，请以原文为准）：肉瘤是一个广泛的间充质恶性肿瘤家族，展现出显著的组织学多样性。我们描述了代表6种主要类型的206例成人软组织肉瘤的多平台分子图谱。除了对个别肉瘤类型生物学的新见解外，我们报告了三个总体发现：1) 与大多数上皮性恶性肿瘤不同，这些肉瘤（除滑膜肉瘤外）主要以拷贝数变化为特征，突变负荷低，且仅有少数基因（TP53、ATRX、RB1）在各肉瘤类型中高度反复突变；2) 在肉瘤类型内部，驱动通路的基因组和调控组多样性定义了与患者预后相关的分子亚型；3) 从DNA甲基化和mRNA谱推断出的免疫微环境与预后相关，并可能为免疫检查点抑制剂的临床试验提供信息。总体而言，这项大规模分析揭示了先前未被认识的肉瘤类型特异性拷贝数、甲基化、RNA和蛋白质变化，为优化肉瘤治疗以及理解其与其他癌症类型的关系提供了见解。
【主题与分类】
主题标签：sarcoma、soft tissue sarcoma、TCGA、TCGA-SARC、genomics、copy number、methylation、RNA、protein、immune microenvironment。
【适用方向】
结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。
【获取与许可】
源站页面：https://gdc.cancer.gov/about-data/publications/sarc_2017
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://gdc.cancer.gov/about-data/publications/sarc_2017
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
TCGA成人软组织肉瘤数据集是与泛肉瘤比较和预后相关的公开数据集，包含表格数据，可用于分类、分型、诊断或预后研究。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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