健康人与帕金森病患者粪便微生物组分析

该数据集来自 NCBI BioProject(编号 PRJNA1491022),主题为健康受试者与帕金森病患者的粪便微生物组分析,数据以原始测序读段(Raw sequence reads)形式提供

sra
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基因组分类Raw sequence reads
PRJNA1491022: Fecal microbiome analysis of healthy subjects and patients with Parkinson's disease

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

健康人与帕金森病患者粪便微生物组分析

PRJNA1491022 是 NCBI BioProject 数据库中的一项生物项目记录,主题为健康受试者与帕金森病患者的粪便微生物组分析。该数据集归属于神经系统疾病 / 帕金森病分类,数据以原始测序读段(Raw sequence reads)的形式提供。BioProject 作为生物数据的集合,通常围绕某一项单一研究计划而建立,来源于单一机构或联合体,并为用户提供一个集中入口,以便查找该项目所产生的多种数据类型。该数据集可用于探索健康人群与帕金森病患者在粪便微生物组层面的差异,为相关研究提供原始测序数据基础。

【数据集背景】

该数据集对应 NCBI BioProject 编号 PRJNA1491022,其英文标题为“Fecal microbiome analysis of healthy subjects and patients with Parkinson's disease”。从标题可以看出,该项目的核心是比较健康受试者与帕金森病患者之间的粪便微生物组。帕金森病属于神经系统疾病,而肠道微生物组与神经系统之间的关联是当前研究关注的方向之一。该项目被归入“神经系统疾病 / 帕金森病”分类,说明其研究背景与帕金森病的生物学特征相关。源站描述指出,BioProject 是围绕单一研究计划组织的生物数据集合,来源于单一组织或联合体,并提供统一入口来链接该项目产生的多种数据类型。因此,该数据集可视为一个围绕粪便微生物组分析而建立的生物项目记录。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”,表明其数据内容以原始测序读段的形式提供。原始测序读段通常来自高通量测序平台,是后续微生物组分析的基础数据。项目标题明确涉及健康受试者与帕金森病患者的粪便微生物组分析,因此数据内容应围绕这两类人群的粪便样本展开。不过,关于样本数量、测序平台、读长、数据量等具体细节,源站未提供。除原始测序读段外,是否包含其他数据类型,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,即 NCBI 的 BioProject 数据库。源站标题为“ID 1491022 - BioProject - NCBI”,对应 BioProject 编号 PRJNA1491022。根据源站描述,BioProject 记录来源于单一组织或联合体,并围绕单一研究计划组织数据。关于具体的样本采集地点、采集时间、受试者招募方式、伦理审批信息等,源站未提供。该项目的组织机构和联合体信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与粪便微生物组相关的研究场景,尤其是涉及健康受试者与帕金森病患者比较的分析。由于数据以原始测序读段形式提供,使用者可将其用于微生物组组成分析、差异丰度分析、多样性分析等常见下游分析流程。此外,该数据集也可用于方法学验证、数据挖掘或作为更大型研究的组成部分。具体适用场景需结合原始测序读段的质量和覆盖度来判断,而相关细节源站未提供。

【使用方法】

使用该数据集时,通常需要从 NCBI BioProject 页面获取原始测序读段。由于数据以 Raw sequence reads 形式提供,使用者可能需要先进行质量控制、过滤、拼接或比对等预处理步骤,然后才能进行微生物组分类和统计分析。具体的数据下载方式、文件格式、预处理建议等,源站未提供。使用者应参考 NCBI 提供的通用文档和工具进行操作。

【质量与限制】

该数据集的质量信息,如测序质量、污染控制、样本重复等,源站未提供。限制方面,由于仅提供原始测序读段,使用者需要自行完成后续分析流程。此外,该数据集仅涉及健康受试者与帕金森病患者的粪便微生物组,不涵盖其他样本类型或疾病状态。关于受试者数量、年龄、性别、用药情况等可能影响结果的元数据,源站未提供。因此,在解释分析结果时需谨慎,并考虑可能的混杂因素。

【引用与许可】

该数据集的引用方式、许可协议、使用限制等信息,源站未提供。使用者应遵循 NCBI 的通用使用条款,并在发表相关成果时正确引用 BioProject 编号 PRJNA1491022 及对应的源站记录。具体引用格式和许可细节,建议直接查阅 NCBI 页面或联系数据提交者。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1491022

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本项目旨在刻画帕金森病患者与健康对照受试者的粪便微生物组特征。收集粪便样本并采用高通量测序进行分析,以探究肠道微生物组成、多样性及潜在的疾病相关微生物特征方面的差异。该数据集将支持探索肠道菌群失调与帕金森病之间关系的研究,并可能为疾病相关生物标志物的发现提供微生物学证据。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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