PRJNA1337787:工程化肠道细菌合成左旋多巴缓解帕金森病模型运动缺陷小鼠数据集

该数据集来自 NCBI,属于神经系统疾病/帕金森病分类下的宏基因组数据,主题为 Raw sequence reads。数据可用于分析肠道微生物组在左旋多巴生物治疗干预下的组成变化,并支撑帕金森病运动缺陷相关研究(来源 ncbi.nlm.nih.gov)

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基因组分类Raw sequence reads
PRJNA1337787: Bioengineered gut bacterium synthesize levodopa alleviates motor deficits in models of parkinson's disease - mouse dataset

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

PRJNA1337787:工程化肠道细菌合成左旋多巴缓解帕金森病模型运动缺陷小鼠数据集

PRJNA1337787 数据集来自 NCBI,收录于神经系统疾病 / 帕金森病分类之下,主题标签为 Raw sequence reads,属于宏基因组数据。该数据集围绕口服左旋多巴生物治疗制剂、药用左旋多巴或赋形剂处理三个月后的 MitoPark 模型小鼠及其同窝对照展开,可用于分析肠道微生物组在左旋多巴生物治疗干预下的组成变化,并为帕金森病运动缺陷相关研究提供数据支撑。数据集英文名称中同时点明了研究核心——经生物工程改造的肠道细菌合成左旋多巴并可缓解帕金森病模型中的运动缺陷,因此其数据价值主要体现在将肠道菌群干预、左旋多巴递送与帕金森病运动表型联系起来,供微生物组与神经疾病交叉方向的研究者使用。

【数据集背景】

帕金森病是常见的神经系统疾病,运动缺陷是其突出表现。左旋多巴是帕金森病治疗中广泛使用的药物成分。该数据集对应的研究关注一种经生物工程改造的肠道细菌,使其能够合成左旋多巴,并在帕金森病模型中观察其对运动缺陷的缓解作用。数据集正是这一研究背景下产生的宏基因组测序数据,研究对象为 MitoPark 模型小鼠及其同窝对照,处理方式包括口服左旋多巴生物治疗制剂、药用左旋多巴或赋形剂,处理持续三个月。通过比较不同处理组及模型与对照之间的肠道微生物组测序结果,可以考察生物治疗干预对肠道菌群组成的影响。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Raw sequence reads,即原始序列读段,属于宏基因组数据。其内容为对接受上述三种口服处理三个月后的 MitoPark 小鼠及同窝对照进行宏基因组测序所获得的原始序列读段。数据可用于分析肠道微生物组在左旋多巴生物治疗干预下的组成变化。除原始序列读段这一数据类型及处理分组、动物模型信息外,源站未提供关于样本数量、测序平台、读段长度、数据体积等更细化的描述。

【采集与来源】

数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,编号为 PRJNA1337787。源站描述表明,该数据集为宏基因组数据集,采集自为期三个月口服左旋多巴生物治疗制剂、药用左旋多巴或赋形剂处理的 MitoPark 模型小鼠与同窝对照。关于具体采样部位、采样时间点、样本处理流程等信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肠道微生物组与帕金森病交叉方向的分析工作,例如比较左旋多巴生物治疗制剂、药用左旋多巴与赋形剂处理组之间肠道菌群组成的差异,考察生物工程改造肠道细菌干预下菌群结构的变化,并结合 MitoPark 模型与同窝对照的对比,支撑帕金森病运动缺陷相关研究。也可作为宏基因组原始读段数据,用于微生物组组成分析流程的输入。关于该数据在其他具体研究场景中的适用性,源站未提供。

【使用方法】

该数据集以原始序列读段形式提供,使用时可按照宏基因组数据的常规分析思路,对读段进行质量控制、比对或组装、物种组成与丰度分析,并按处理组(左旋多巴生物治疗制剂、药用左旋多巴、赋形剂)以及动物类型(MitoPark 模型与同窝对照)进行分组比较。具体的分析流程、参数设置与推荐工具,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为原始序列读段,使用前通常需要自行完成质量控制与后续处理。源站未提供关于数据质量评分、测序深度、样本重复数、批次效应等方面的说明。由于数据仅涉及 MitoPark 模型小鼠及同窝对照,且处理周期为三个月,其结果向其他模型或人群的外推需谨慎。其他质量与限制信息,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来自 ncbi.nlm.nih.gov,编号为 PRJNA1337787。关于引用方式、许可条款及使用限制,源站未提供。

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数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1337787

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Metagenomics dataset following 3 months of oral treatment with Levodopa Biotherapeutic, pharmaceutical L-DOPA or vehicle in MitoPark and Littermate controls

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