帕金森病中脑神经元IL-17信号通路

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/dbgap/phs001686

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为确定IL-17诱导的全球转录组变化，在中脑神经元中进行研究，这些神经元源自三名散发性帕金森病(PD)患者和三名年龄、性别匹配的对照组的诱导多能干细胞(iPSC)。对经IL-17处理和未处理的PD及对照组iPSC衍生的中脑神经元进行了深度RNA测序(RNA-Seq)。使用TruSeq RNA样本制备试剂盒v2(Illumina)从处理和未处理的细胞中分离总RNA。使用KAPA SYBR FAST ABI Prism文库定量试剂盒(Kapa Biosystems)对RNA文库进行定量，并在cBot上使用TruSeq SR簇生成试剂盒v3(Illumina)进行簇生成。测序运行在HiSeq 1000仪器(Illumina)上进行，采用索引的50周期单读(SR)协议和TruSeq SBS v3试剂盒(Illumina)。图像分析和碱基识别产生了.bcl文件，随后通过CASAVA1.8.2软件转换为.fastQ文件。FastQ文件使用STAR与人类基因组(hg19)比对，并使用gencode.v19进行注释。DESeq2用于确定差异表达。

确定显著失调基因的标准如下：校正p值低于0.05，且log2FC（倍数变化）大于1。仅考虑在整个数据集中平均表达值大于1 RPKM（每百万映射读取中每千碱基读取数）的基因。对照和PD样本作为两个独立数据集进行分析。经IL-17处理后，对照组中仅发现17个基因失调，而来自PD患者的iPSC衍生中脑神经元中有125个基因失调。在PD iPSC衍生神经元中，这125个IL-17依赖性基因通过应用欧几里得距离度量的无监督层次聚类，将处理过的PD样本与未处理的PD样本区分开来。更详细的研究信息可在Sommer A, Maxreiter F, Krach F, Fadler T, Grosch J, Maroni M, Graef D, Eberhardt E, Riemenschneider MJ, Yeo GW, Kohl Z, Xiang中找到。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。