TCGA-THCA甲状腺癌队列
内分泌系统疾病领域多模态公开数据集,来源:gdc.cancer.gov。

基本信息
资源简介
TCGA-THCA甲状腺癌队列
【一句话概览】
本研究描述了甲状腺乳头状癌(PTC)的基因组图谱,PTC 是最常见的甲状腺癌类型。研究识别出新的 PTC 驱动突变,并对基因组变异、基因表达和 DNA 甲基化进行了整合分析。研究结果具有重要的临床意义,有望改进甲状腺癌的分类和患者管理(来源 gdc.cancer.gov)。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《Integrated Genomic Characterization of Papillary Thyroid Carcinoma》。
【数据内容】
源站原始描述:We describe the genomic landscape of papillary thyroid carcinoma (PTC), the most common type of thyroid cancer. We identify novel PTC driver mutations and perform integrated analyses of genomic variants, gene expression and DNA methylation. Our results have strong clinical implications and the potential to improve the classification of thyroid cancer and the management of patients
中文译文(机器翻译,仅供快速理解,请以原文为准):我们描述了甲状腺乳头状癌(PTC)的基因组图谱,这是最常见的甲状腺癌类型。我们发现了新的PTC驱动突变,并对基因组变异、基因表达和DNA甲基化进行了综合分析。我们的结果具有重要的临床意义,有望改进甲状腺癌的分类和患者的管理。
【主题与分类】
主题标签:TCGA、THCA、Papillary Thyroid Carcinoma、Thyroid Cancer、Genomic、Gene Expression、DNA Methylation、Mutation、Copy Number Variation、RNA Expression。
【适用方向】
多模态数据适合跨模态对齐、融合建模与联合表征学习方向的研究。
【获取与许可】
源站页面:https://gdc.cancer.gov/about-data/publications/thca_2014
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站:https://gdc.cancer.gov/about-data/publications/thca_2014
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
TCGA甲状腺癌多组学队列,覆盖基因组、转录组、甲基化和临床数据,主要用于甲状腺乳头状癌研究。
数据加载示例(表格/文本类)
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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